O CIITA gene fornece instruções para fazer uma proteína que ajuda principalmente a controlar a atividade (transcrição) de genes chamado de principal complexo de histocompatibilidade (MHC) de classe II genes. A transcrição é o primeiro passo na produção de proteínas, e CIITA é fundamental para a produção de proteínas imunitárias especializadas chamadas proteínas MHC classe II a partir destes genes. A proteína CIITA coordena várias proteínas para ligar a transcrição genética MHC classe II e permitir a produção de proteínas MHC classe II.As proteínas MHC classe II encontram-se na superfície de vários tipos de células imunitárias, incluindo os glóbulos brancos (linfócitos) que estão envolvidos em reacções imunitárias. Estas proteínas desempenham um papel importante na resposta imunitária do organismo a invasores estrangeiros, tais como bactérias, vírus e fungos. Para ajudar o organismo a reconhecer e combater infecções, as proteínas MHC classe II ligam-se a fragmentos de proteínas (peptídeos) de invasores estrangeiros para que outras células especializadas do sistema imunitário possam interagir com elas. Quando estas células do sistema imunológico reconhecem os peptídeos como prejudiciais, eles desencadeiam os linfócitos e outras células imunitárias para lançar respostas imunitárias para se livrar dos invasores estrangeiros.
a proteína CIITA também parece desempenhar um papel no aumento da transcrição de genes MHC classe I, que fornecem instruções para fazer proteínas do sistema imunitário chamadas proteínas MHC classe I. Como as proteínas MHC classe II, as proteínas MHC classe I ligam-se aos peptídeos de invasores estrangeiros e apresentam-nos a células específicas do sistema imunitário. Estas células, em seguida, atacar os invasores estrangeiros para livrá-los do corpo. Embora a proteína CIITA seja capaz de ajudar a promover a atividade genética MHC classe I, não é o regulador primário desses genes. Outras proteínas desempenham um papel mais proeminente na sua transcrição.