Abstract
Major advances in genome editing have recently been made possible with the development of the TALEN and CRISPR/Cas9 methods. A velocidade e facilidade de implementação dessas tecnologias levou a uma explosão de organismos mutantes e transgênicos. Uma etapa limitante da taxa na aplicação eficiente dos métodos TALEN e CRISPR/Cas9 é a seleção e a conceção de construções de direcionamento. Desenvolvemos uma ferramenta online, CHOPCHOP (https://chopchop.rc.fas.harvard.edu), para acelerar o processo de design. CHOPCHOP aceita uma ampla gama de entradas (identificadores de genes, regiões genômicas ou sequências coladas) e fornece uma série de Opções Avançadas para a seleção de alvos. Ele usa algoritmos de alinhamento de seqüências eficientes para minimizar os tempos de busca, e rigorosamente prevê a ligação off-target de RNAs de guia único (sgRNAs) e TALENs. Cada consulta produz uma visualização interativa do gene com os sites alvo candidatos exibidos em suas posições genômicas e coloridos de acordo com as pontuações de qualidade. Além disso, para cada possível Local-alvo, locais de restrição e candidatos a primer são visualizados, facilitando um gasoduto racionalizado de geração e validação de mutantes. A facilidade de uso e a velocidade do CHOPCHOP fazem dele uma ferramenta valiosa para a engenharia do genoma.