In 1768, the French explorer Louis Antoine de Bougainville named the island after the then French foreign minister, Étienne François, duc de Choiseul.O primeiro avistamento registrado pelos europeus foi pela expedição espanhola de Álvaro de Mendaña, em abril de 1568. Mais precisamente, o avistamento foi devido a uma viagem local feita por um pequeno barco, nas contas o Brigantino Santiago, comandado pelo mestre de Campo Pedro Ortega Valencia e tendo Hernán Gallego como piloto. Eles marcaram como San Marcos, e também nomearam o canal estreito que separa San Jorge da Ilha de Santa Isabel como o canal Ortega em homenagem ao comandante da expedição.
no século XIX, os habitantes das Ilhas Choiseul sofreram ataques de blackbirding (o recrutamento muitas vezes brutal ou sequestro de trabalhadores para as plantações de açúcar em Queensland e Fiji).Em abril de 1885, o Império alemão declarou um protetorado sobre as Ilhas Salomão Do Norte, incluindo Choiseul. Em 1900, sob os Termos do Tratado de Berlim (14 de novembro de 1899), a Alemanha transferiu as Ilhas Salomão Do Norte (exceto Bougainville e suas ilhas vizinhas) para o protetorado britânico das Ilhas Salomão em troca de os britânicos desistirem de todas as reivindicações para Samoa. Missionários se estabeleceram em Choiseul sob ambos os protetorados, convertendo a maioria da população ao cristianismo. No início do século XX, várias empresas britânicas e australianas começaram a plantar coco em grande escala.
o antropólogo e fotógrafo austríaco Hugo Bernatzik visitou Choiseul em 1932. Bernatzik documentou alguns dos poucos costumes ancestrais remanescentes do povo da ilha e descreveu-os em uma etnografia que ele publicou alguns anos depois. Ele também tirou algumas fotografias dos Ilhéus e trouxe de volta uma urna de pedra com esculturas, refletindo uma cultura que ele considerou estar morrendo em contato com o mundo moderno.Durante a Segunda Guerra Mundial, as forças japonesas ocuparam Choiseul em 1942. Um batalhão de Fuzileiros dos EUA realizou um ataque na ilha em Outubro-Novembro de 1943, para desviar a atenção dos desembarques em Cabo Torokina.Após a independência das Ilhas Salomão em julho de 1978, Choiseul foi administrado como parte da província de Choiseul.