urodził się w Tours jako syn nadwornego malarza Jeana Cloueta. Jean Clouet pochodził z południowej Holandii i prawdopodobnie z okolic Brukseli. François Clouet uczył się u ojca. Odziedziczył po ojcu przydomek „Janet” i jest tak określany w niektórych wczesnych źródłach i starszej literaturze.
najwcześniejszą wzmianką o François Clouecie jest dokument z grudnia 1541 roku, w którym król zrzeka się na rzecz François majątku swego ojca, który odstąpił od korony jako majątek cudzoziemca. W tym dokumencie mówi się, że młodszy Clouet bardzo uważnie śledził swojego ojca w swojej sztuce. Podobnie jak jego ojciec, sprawował urząd Pana komnaty i malarza zwyczajnego wobec króla, a jeśli chodzi o pensję, zaczął tam, gdzie przerwał jego ojciec. Wiele rysunków jest przypisywanych temu artyście, często bez doskonałej pewności. Jest jednak więcej do zrobienia niż jest w przypadku jego ojca.
ponieważ chwalenie François Cloueta było śpiewane przez ówczesnych pisarzy, jego imię było starannie zachowane od panowania do panowania, a przypisywanie wielu jego obrazów jest starożytną i nieprzerwaną tradycją. Nie ma jednak oryginalnych poświadczeń jego dzieł, ani nie są znane żadne dokumenty, które gwarantowałyby zwykle akceptowane transkrypcje. Przypisuje mu się portrety Franciszka I w Uffizi i w Luwrze oraz różne związane z nimi rysunki.
prawdopodobnie namalował również portret Katarzyny Medycejskiej w Wersalu i inne dzieła, a najprawdopodobniej duża liczba przypisywanych mu rysunków pochodziła z jego ręki.
jednym z jego najbardziej niezwykłych portretów jest portret Marii, królowej Szkotów, rysunek w kredach w Bibliothèque Nationale, a o podobnym charakterze są dwa portrety Karola IX I jeden w Chantilly z Marguerite z Francji. Być może jego arcydziełem jest portret Elżbiety austriackiej w Luwrze.Utwór ten wywarł ważne wrażenie na Claude ’ u Lévi-Straussie. W szczególności zainspirowało to jego teorię modèle réduit, czyli dzieł sztuki jako „miniaturowych modeli”, oraz inne teorie dzieł sztuki, w jego książce The Savage Mind.
Clouet mieszkał w Paryżu na rue de Stéphane w dzielnicy Temple, w pobliżu hotelu De Guise, a w 1568 roku był pod patronatem Claude 'a Gouffiera de Boisy, Seigneura d’ Oiron, i jego żony Claude de Baune. Innym stwierdzonym faktem dotyczącym François Cloueta jest to, że w 1571 roku został wezwany na urząd dworu mennicy, a jego opinia została podjęta na temat podobieństwa do króla portretu wybitego przez Mennicę. Przygotował maskę śmierci Henryka II, ponieważ w 1547 wziął podobną maskę twarzy i rąk Franciszka I, aby na podstawie jego rysunków mogła być przygotowana podobizna do użycia na pogrzebie; i przy każdej z tych okazji wykonał obraz do wykorzystania w dekoracji kościoła i sztandarach na wielką ceremonię.
kilka miniatur uważa się za jego dzieło, jednym bardzo niezwykłym portretem jest półdługa postać Henryka II w kolekcji J. Pierponta Morgana. Innym z jego portretów jest portret François, duc d ’ Alençon w kolekcji Jonesa w Victoria & Albert Museum . Katarzyna Medycejska opisała wysiłki Maistre Jameta (użył nazwiska ojca) na portrecie alençona do ambasadora w Londynie, Mothe Fénélona.Niektóre przedstawienia członków rodziny królewskiej, które znajdowały się w kolekcji Pałacu Hamilton i sprzedaży Magniac są zwykle przypisywane mu.
zmarł 22 grudnia 1572 r., krótko po masakrze św. Bartłomieja, a jego testament, wspominający jego siostrę i dwie nieślubne córki, oraz zajmujący się rozporządzaniem znaczną ilością majątku, istnieje do dziś. Jego córki zostały później zakonnicami.