PROSESSEN med Å bruke KLARHET imaging begynner med en postmortem vevsprøve. Neste en rekke kjemiske behandlinger må brukes for å oppnå åpenhet, der lipidinnholdet i prøven er fjernet, mens nesten alle de opprinnelige proteiner og nukleinsyrer er igjen på plass. Formålet med dette er å gjøre vevet gjennomsiktig og dermed egnet til detaljert mikroskopisk undersøkelse av dets bestanddeler funksjonelle deler (som hovedsakelig er proteiner og nukleinsyrer). For å oppnå dette må den eksisterende proteinstrukturen plasseres i et gjennomsiktig stillas som bevarer det, mens lipidkomponentene fjernes. Denne ‘stillas’ består av hydrogelmonomerer som akrylamid. Tilsetningen av molekyler som formaldehyd, paraformaldehyd eller glutaraldehyd kan lette feste av stillaset til proteiner og nukleinsyrer som skal bevares, og tilsetning av varme er nødvendig for å etablere de faktiske forbindelsene mellom de cellulære komponentene og akrylamidet.
når dette trinnet er fullført, holdes protein-og nukleinsyrekomponentene i målvevets celler fast på plass, mens lipidkomponentene forblir frittliggende. Lipider fjernes deretter over 1-2 uker med passiv diffusjon i vaskemiddel, eller akselereres ved elektroforetiske metoder til bare timer til dager. Når de passerer gjennom, gjør vaskemiddelets lipofile egenskaper det mulig å plukke opp og utelukke eventuelle lipider som oppstår underveis. Lipofile fargestoffer Som DiI fjernes, men DET ER KLARHETSKOMPATIBLE lipofile fargestoffer som kan fikseres til naboproteiner. Det store flertallet av ikke-lipidmolekyler, som proteiner og DNA, forblir upåvirket av denne prosedyren, takket være akrylamidgelen og de kjemiske egenskapene til de involverte molekylene.
som rapportert i den innledende papir, utvider vevet under denne prosessen, men etter behov kan gjenopprettes til sine opprinnelige dimensjoner med et siste trinn av inkubasjon i brytningsindeks matchende løsning.
på dette stadiet i prosessen har prøven blitt fullt forberedt for avbildning. Kontrasten for bildebehandling kan komme fra endogene fluorescerende molekyler, fra nukleinsyre (DNA eller RNA) etiketter, eller fra immunostholdende, hvorved antistoffer som binder spesifikt til et bestemt målstoff, brukes. I tillegg er disse antistoffene merket Med Fluorescerende koder som er nøkkelen til endelig avbildningsresultat. Standard confocal, to-foton, eller lys-ark imaging metoder er alle egnet til å deretter oppdage fluorescens slippes ned til omfanget av protein lokalisering, og dermed resulterer i den endelige svært detaljerte og tredimensjonale bilder SOM KLARHET produserer.
etter at en prøve har blitt immunostained for et bilde, er det mulig å fjerne antistoffene og bruke nye, slik at en prøve kan avbildes flere ganger og målrette flere proteintyper.