Mahoney tilhørte Den Irske Provinsen Av Order Of Friars Minor og tilbrakte noen av 1676 På St Isidore ‘ S College I Roma, hovedkvarter for provinsen i eksil. I et forsøk på å vende Tilbake Til Irland fra det kontinentet hvor han hadde blitt ordinert Til Katolsk prest, ble han skipbrudden og gikk i Land I Wales. Han ble arrestert i 1678 og fengslet i Denbigh. Han ble stilt for Retten året etter ved Ruthin i Nordlige Wales hvor han ble dømt og hengt.
dokumentasjonsbeviset er lite. British Museum har en kopi av et enkelt ark med tittelen The Last Speeches Of Three Priests som ble Henrettet For Religion, Anno Domini 1679, hvorfra følgende transkripsjon er laget:-
En Redegjørelse av ordene som ble uttalt Av Charles Mahoney, En Irsk Prest av Den Hellige Frans Av Den hellige Orden, Som Ble Henrettet i Ruthin I Nord-Wales den 12. August 1679. Nå er Gud Den Allmektige glad for at jeg skulle lide Martyrdom, hans Hellige Navn bli lovet, siden jeg farger For Min Religion. Men du Har ingen Rett til å drepe meg i Dette Landet, selv om jeg bekjente Meg Til Å Være Prest, for du grep meg da jeg skulle Til Mitt Hjemland Irland, ble drevet Til Sjøs på Denne Kysten, for jeg brukte aldri Min Funksjon i England før jeg ble tatt, Men gud tilgi deg, som jeg gjør og skal alltid be for deg, spesielt for de som var så gode for meg i min nød, jeg ber gud velsigne Vår Konge, og forsvare Ham fra Hans Fiender, og konvertere ham til Den Hellige Katolisistiske Tro, Amen. Hans Alder var Under Førti, Han ble tryed og Dømt På Denby Bekjente Seg Å Være Prest.