CIITA遺伝子は、主に主要組織適合遺伝子複合体（MHC）クラスII遺伝子と呼ばれる遺伝子の活性（転写）を制御するのに役立つタン 転写はタンパク質の産生の最初のステップであり、CIITAはこれらの遺伝子からMHCクラスIIタンパク質と呼ばれる特殊な免疫タンパク質の産生に重要で CIITAタンパク質は、MHCクラスII遺伝子転写をオンにし、MHCクラスIIタンパク質の産生を可能にするために様々なタンパク質を調整する。
MHCクラスIIタンパク質は、免疫反応に関与する白血球（リンパ球）を含むいくつかのタイプの免疫細胞の表面に見出される。 これらの蛋白質は細菌、ウイルスおよび菌類のような外国の侵略者へのボディの免疫反応の重要な役割を、担います。 ボディが伝染を確認し、戦うのを助けるためには、MHCのクラスII蛋白質は外国の侵略者からの蛋白質（ペプチッド）の片に他の専門にされた免疫組織の細胞がそれらと相互に作用できるように結合します。 これらの免疫系細胞がペプチドを有害であると認識すると、リンパ球および他の免疫細胞を誘発して免疫応答を開始し、外来の侵略者を取り除く。
CIITAタンパク質は、MHCクラスIタンパク質と呼ばれる免疫系タンパク質を作るための指示を提供するMHCクラスI遺伝子の転写を増強する役割を果た MHCクラスIIタンパク質と同様に、MHCクラスIタンパク質は、外来の侵略者からのペプチドに付着し、特定の免疫系細胞にそれらを提示する。 これらの細胞は、その後、体からそれらを取り除くために外国の侵略者を攻撃します。 CIITAタンパク質はMHCクラスI遺伝子活性を促進するのに役立ちますが、これらの遺伝子の主要な調節因子ではありません。 他のタンパク質は、それらの転写においてより顕著な役割を果たす。