概要
ゲノム編集の大きな進歩は、TALENおよびCRISPR/Cas9メソッドの開発によって可能になりました。 これらの技術を実装する速度と容易さは、変異体およびトランスジェニック生物の爆発につながっています。 ＴＡＬＥＮ法およびＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９法を効率的に適用する際の律速段階は、標的化構築物の選択および設計である。 設計プロセスを迅速化するために、オンラインツールCHOPCHOP(https://chopchop.rc.fas.harvard.edu)を開発しました。 CHOPCHOPは、入力（遺伝子識別子、ゲノム領域または貼り付けられた配列）の広い範囲を受け入れ、ターゲット選択のための高度なオプションの配列を提供します。 これは、検索時間を最小限に抑えるために効率的な配列アライメントアルゴリズムを使用し、厳密に単一ガイドRna（sgrna）とTALENsのオフターゲット結合を予測し 各クエリは、そのゲノム位置に表示され、品質スコアに応じて色分けされた候補標的部位と遺伝子の対話型の可視化を生成します。 さらに、可能な標的部位ごとに、制限部位およびプライマー候補が可視化され、変異体の生成および検証の合理化されたパイプラインが容易になる。 CHOPCHOPの使い易さそして速度はそれにゲノム工学のための貴重な用具をする。