環境問題に関する主要な責任は、保健省の環境計画局と国家計画局、国家福祉省の生態諮問局と外務省の環境局に帰属する。
チリの主な環境問題は、森林破壊とその結果生じる土壌浸食、そしてその空気、水、土地の汚染である。 産業や交通からの大気汚染と水質汚染は、人口が過去30年間で倍増している都市部で特に深刻です。 1996年、チリの工業用二酸化炭素排出量は48.7万トンに達した。 未処理の下水は、国の水質に大きな脅威をもたらします。 2001年現在、チリは928cu kmの再生可能な水資源を持っていた。 都市住民の99％が純粋な飲料水を持っていますが、農村住民の58％だけが同じアクセス権を持っています。
チリの絶滅危惧種には、南アンデスのhuemul、ツンドラperegrine falcon、puna rhea、チリのwoodstar、血色の良い頭のガチョウ、緑のウミガメが含まれています。 2001年現在、16種の哺乳類の合計91種が絶滅危惧種と考えられている。 296種の繁殖鳥のうち、18種が絶滅の危機に瀕していた。 また、4種類の淡水魚と268種の植物が絶滅の危機に瀕していました。