baliga-lab/cmonkey2

cmonkey2-cMonkeyバイクラスタリングアルゴリズムのPythonポート

説明

これは、システム生物学研究所のdavid j.reissによる元のr実装に基づくcmonkeyアルゴリズムのpython実装です。

ドキュメント

cMonkeyのインストールと実行のためのドキュメントの完全なセットは、プロジェクトのGithubページにあります。

開発者とユーザーのディスカッショングループもあります。

お問い合わせ

すべてのバグやその他の問題をissue trackerを使用して報告してください。 すべての質問は、開発者またはユーザーのディスカッショングループのいずれかに指示してくださ推奨される方法は、pip

pip install cmonkey2

を使用してcmonkey2をインストールすることです。cmonkey2とcm2viewツールをpython環境にインストールします。 ツールを実行する最も簡単な方法は、http://meme-suite.org/

実行cmonkey2

からMEMEを手動でインストールする必要があります（RSATと文字列で利用可能なすべてのデータの場合）。):

$ cmonkey2 --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

利用可能なオプションを表示するには:

bin/cmonkey2.sh --help

例を実行するには、次のようにします:

bin/cmonkey2.sh --organism hal --rsat_base_url http://networks.systemsbiology.net/rsat example_data/hal/halo_ratios5.tsv

ソースリポジトリから直接使用する

以下は、ソースリポジトリでcmonkey2を直接使用する手順です

Dockerイメージを使用する

PreCyteは、githubアカウントでcmonkey2に基づ

https://github.com/PreCyte/cMonkey2-docker/

システム要件

cmonkey2はすべてのテスト済みの最新バージョンのLinux(debianベースとRPMベースを含む)と最新バージョンのMac OS Xでテストされ、実行されています。:

• Python2.7で開発およびテストされました。xとPython3。x
• >= 0.9.0
• numpy>= 1.6.0
• biopython>= 1.63
• ビューティフル-スープレックス>= 4
• R>= 2.14.1
• rpy2>= 2.2.1
• 4.3.0または>=4.8.1（4.12.0はまだサポートされていません、現在動作しています）
• csh（ミームを実行するため）
• pandas
• sqlalchemyおよびsqlalchemy-utils
• svgwrite

人間のためユニットテストを実行するには、セットアップ、weeder1.4.2

が必要です（オプション）:

• python-xmlrunner

対話型監視および可視化webアプリケーションを実行するための(オプション):

• CherryPy3
• Jinja2
• python-routes

単体テストの実行

bin/run_tests.sh

cmonkey2の実行

一般に、微生物geneexpression比でcmonkey2を実行することができます

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

bin/cmonkey2.sh --organism <organism-code> <tab separated file of gene expressions>

ファイルは、ファイルシステムまたはWeb Urlのいずれかにすることができます。

プログラムが起動すると、ログファイルがcmonkeyに書き込まれます。ログ…

bin/cmonkey2.sh --help

Halobacterium Salinarumでのテスト実行

cMonkeyが現在のintegratedsystemを実行するための起動スクリプトがあります

bin/cmonkey2.sh --organism hal example_data/hal/halo_ratios5.tsv

pythonベースの監視アプリケーションを起動します

bin/cm2view.sh ]

もう一つの方法は、Halobacteriumを実行することですRSATデータベースを指定することです

bin/cm2view.sh ]

bin/cmonkey2.sh --organism hal --rsat_organism Halobacterium_NRC_1_uid57769 --rsat_base_url http://pedagogix-tagc.univ-mrs.fr/rsat --rsat_features gene --nooperons --use_BSCM example_data/hal/halo_ratios5.tsv

人間でcmonkeyを実行する

人間のデータでCmonkeyを実行するには、独自の<ratios.tsv>ファイル

bin/cmonkey2.sh --organism hsa --string <stringFile> --rsat_organism Homo_sapiens_GRCh37 --rsat_URL http://rsat.sb-roscoff.fr/ --rsat_features protein_coding --nooperons <ratios.tsv>

人間のデータでcmonkeyを実行するための詳細

人間のデータでcmonkeyを実行する 文字列データベースもRSATデータベースも人間のデータがきれいに入力されていないためです。 ここでは、人間

1. 上で実行される成功したpython cMonkeyの手順は、遺伝子相互作用ファイルを作成します。 上記の例のデータファイルは、10/6/14頃にBiogridから生成されました。
2. 持っているRSATミラーを見つけます。生のchromoseファイルと機能ファイル。 上記の例では、メインのRSATデータベースからHomo_Sapiens_Ensembl_74_Grch37を使用します。 これらに注釈を付けるには、’protein_codingを使用します。タブ’と’protein_coding_names.タブ”。 原則として、’processed_transcript’のような他の注釈ファイルも同様に機能します。
3. 検索された上流領域を調整し、おそらくde-novoモチーフではなくknow TFとmiRNAモチーフを検索するようにコードを変更します。 注：モチーフの検索ステップをModiyfingは自明ではありません。

パッケージメンテナ

一般

ディストリビューションはsetuptoolsとwheelフォーマット

• セットアップを使用して構築されています。pyには、ディストリビューションをビルドするために必要なすべての情報が含まれていますディストリビューション
• を作成する前にバージョン番号をrst

ビルドディストリビューション

python3setup.py sdist bdist_wheel

PyPIへのアップロード

twine upload-r pypi dist/cmonkey2-*