一般的な特徴
表図1は、oltmannsiellopsis Cpdnaの一般的な特徴を、これまでに完全に配列決定された四つのクロロフィルcpdnaの特徴と比較したものである。 Nephroselmis、クロレラ、PseudendocloniumおよびChlamydomonasのゲノム。 59.5%では、Oltmannsiellopsis cpDNAの全体的なA+TコンテンツはNephroselmis cpDNAのそれに似ていますが、三つの以前に配列されたUTCゲノムのものよりも有意に低いです。 Oltmannsiellopsisゲノムは、151,933bpの環状分子としてマッピングされ(図1)、105個の遺伝子が含まれています。 それぞれが10個の遺伝子をコードする18,510bpのIR配列の2つのコピーは、SC1およびSC2と呼ばれる不等な単一コピー領域によって互いに分離される。 他のUTC cpdnaと同様に、OltmannsiellopsisゲノムはMesostigmaおよびNephroselmis cpdnaよりもコード配列が密集しておらず、59.2%で、コード配列の密度はクロレラおよびPseudendoclonium cpdnaのものと同様である。 Oltmannsiellopsis cpDNAの遺伝子間スペーサーはSDRsを備えており、512bp、Pseudendoclonium cpDNA(600bp)のために観察された値に匹敵する値の平均サイズを持っています。 Oltmannsiellopsiscpdnaにおいて,グループiファミリーに属する五つのイントロンを同定した。

Oltmannsiellopsisおよび他のクロロフィルcpdnaの遺伝子マップ。 各マップの外側の遺伝子(充填されたボックス)は時計回りに転写されます。 RRNA遺伝子の転写方向は矢印で示される。 黄色、青色および赤色で示される遺伝子は、それぞれ、メソスチグマcpDNA中のIR、LSCおよびSSC領域にマップされる。 Oltmannsiellopsisマップ上では,OltmannsiellopsisおよびPseudendoclonium cpdnaのSSCに対応する単一コピー領域に存在するLSC領域に特徴的な遺伝子をアスタリスクで示す。 Mesostigma cpDNAに存在しない遺伝子は灰色で示されている。 tRNA遺伝子は、1文字のアミノ酸コードに続いて括弧内のアンチコドン(Me、elongator methionine;Mf、initiator methionine)によって示される。 合計5個のイントロン(開いた箱)が同定され,その中にはOrfs(狭い箱)を特徴とするものもあった。
遺伝子とイントロン含有量
Oltmannsiellopsis cpDNAの遺伝子含有量は、クロレラとクラミドモナスcpdnaの中間体である(表1)。 OltmannsiellopsisとPseudendoclonium cpdnaは同じ数の遺伝子をコードしていますが、これらのゲノムは遺伝子レパートリーがわずかに異なります(表2)。 Oltmannsiellopsis cpDNAは、Pseudendoclonium cpDNAから欠落しているが、ycf62、trnL(caa)とtrnR(ccg)を失っているすべての三つのchl遺伝子を保持しています。 クロレラcpDNAと比較して、Oltmannsiellopsis、PseudendocloniumおよびChlamydomonasのゲノムには、5つの遺伝子、すなわちCysA、cyst、および3つのtRNA遺伝子(tRnL(gag)、tRnS(gga)およびtRnT(ggu))のセットが欠落している(表2)。 …


