月: 2022年1月

この記事では、CheckMを使用してメタゲノムアッセンブリーゲノム（MAGs）の完全性と汚染を推定する方法を段階的に

CheckMはどのように機能しますか？

私の博士号アドバイザー、Robert Edwardsは、CheckMが隠されたマルコフモデルを使用してビン（MAGs）の完全性と汚染を推定する方法を以下に説明します。

ステップバイステップ：Checkm

を実行するまず第一に、CheckMには多くの依存関係があるため、ここではすべての依存関係を運ぶDockerイメージを使用します。 あなたがする必要があるのは、あなたのマシンにDockerがインストールされていることを確認し、CheckM bioconda Dockerイメージを引き出すことだけです。 以下のコマンドを使用してそれを行うことができます:

$ docker pull quay.io/biocontainers/checkm-genome:1.1.2--py_0

少なくとも16GBのRAMを使用するようにDockerイメージを取得してください。 あなたがそれを行う方法がわからない場合は、ここでそれを行う方法を学んでください。

次のステップは、からダウンロードできるCheckMデータベースをダウンロードすることです:

# download database$ wget https://data.ace.uq.edu.au/public/CheckM_databases/checkm_data_2015_01_16.tar.gz# create folder and uncompress db into database folder$ mkdir -p db/$ tar xzf checkm_data_2015_01_16.tar.gz -C db/

注意：このチュートリアルでは、データベースがbinsファイルと同じフォルダにあることを確認してください。イメージをマシンにプルし、Dockerイメージに適切な量のメモリを設定し、CheckMデータベースを作成したので、それを実行できます（yay！)

ただし、最初にdocker …

CollegeEdit

17歳以下のナショナル-レジデンス-プログラムに参加する前は、地元のクラブであるHillsborough County Unitedでプレーしていた。 メリーランド大学では大学サッカーをプレーし、2009年のNCAAディヴィジョンI優勝に貢献した。 大学時代にはNSCAA/アディダスオールアメリカン、2005年にはUSYSAオールアメリカン、2005年にはパレードオールアメリカンに選ばれた。 メリーランド大学では3年間で66試合に出場し、26得点、14アシストを記録した。

ホールは2009年のMlsスーパードラフトでニューヨーク・レッドブルズからドラフト1巡目（全体11位）で指名された。 2009年3月19日、開幕戦のシアトル・サウンダーズFC戦でMLSデビューを果たした。 ニューヨークでの最初のシーズン、ホールは主に右サイドバックとしてプレーし、レギュラーシーズン24試合に出場した。 ニューヨークでの彼の最初のシーズンの終わりに、ホールは姉妹クラブのレッドブル-ザルツブルクで訓練を受けた。

2010年3月20日、新たなレッドブル-アリーナで行われた最初の試合であるサントスFC戦でレッド-ブルズの90分間フル出場を果たし、3-1で勝利した。 2010年5月23日、レッドブル・アリーナで行われた親善試合でイタリア代表のユヴェントスFCに3-1で勝利し、ニューヨークの開幕戦ゴールを決めた。 2010年10月21日、ホールはニューイングランド・レボリューションに2-0で勝利し、ニューヨークが2度目のレギュラーシーズン・イースタン・カンファレンスのタイトルを獲得した。

2010年11月22日、ホールが2011年のスーパードラフトで3巡目指名と引き換えに2011年の拡張チームポートランド-ティンバーズにトレードされたことが発表された。 2011年8月19日、ミッドフィールダーのエリック・アレクサンダーとの交換でFCダラスにトレードされた。

ホールは2011年11月29日にトロントFCにトレードされ、2013年のMlsスーパードラフトで2巡目指名を受けた。 2-0でホームのD.C.ユナイテッドに敗れたトルステン-フリングスの後半戦でデビューした。 2012年6月20日のヒューストン・ディナモ戦でプロ初ゴールを記録し、3-3の引き分けに終わった。

2014年12月、ホールは2015年のMlsスーパードラフトの4巡目指名と引き換えにトロントからニューイングランド・レボリューションにトレードされた。 2015年には12試合に出場し、998得点を記録した。

2016年2月8日、故郷のタンパベイ・ローディーズと2016年のNASLシーズンを通じて1年契約を結んだことが発表された。 2017年シーズンもクラブオプションで契約を結んでいる。 2016年7月21日、ユヴェントス・サッカーリーグのサクラメント・リパブリックにローンで加入した。

International Edit

2003年からアメリカのサッカーレジデンシープログラムに参加し、U-17チームで22キャップを獲得しており、2005FIFA U-17世界選手権ペルー大会ではコートジボワールu-17戦で6試合に先発し、1ゴールを挙げている。

2016年5月、Hallはプエルトリコのバヤモンで行われたアメリカとの親善試合のためにプエルトリコ代表に招集された。 プエルトリコの祖父母の元でプレーすることになった。 2017年のカリビアンカップでは2回戦でプエルトリコに勝利し、2017年のCONCACAFゴールドカップでは初めて2試合に出場した。

彼は2017年のOrlando City SCとの試合、2018年までCONCACAF Nations Leagueとの試合でチームとプレーを続けた。

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世界中の島々で、自由範囲の猫は、国際自然保護連合（IUCN）によって記録された現代の鳥、哺乳類、爬虫類の絶滅の33（14％）を引き起こしたか、または貢献している。 私は猫を含む非ネイティブの哺乳類によって否定的に影響を受けているバハマとカリブ海から絶滅危惧イグアナのグループと研究を行うので、これは個人的に私と共鳴します。 私の研究は、マイナスの外的要因がイグアナの人口にどのように影響するかをよりよく理解し、人口減少を防ぐための保全戦略を設計することに焦点を当てています。 残念なことに、自由範囲の猫と犬は、それぞれ孵化と大人を殺すことによって、地域の島のネイティブイグアナの集団を間引くことが知られています。 バハマでは、アンドロス島の奥深く、人間の居住地から数十マイルのイグアナの研究を行っている間、私は猫や子猫につまずいています。 私は驚いており、極端な条件の下で生き残る能力を尊重していますが、これらの目撃は、野生の野生動物をどのように食べ、その衰退に貢献するかを直接目にするように、自由範囲の猫の個体数を制御するという課題を強調しているため、ありのままです。

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Circles in Nature

最も単純なレベルでは、私たちは私たちの周りの自然の中で円を見ています。 しかし、それがすべてではない、我々ははるかに深く掘り下げることができます。 自然界のさまざまなスケールと次元を観察するのに適した場所は、自然界のサークルとそれに関連する形の研究よりもありません。

自然界のこれらの円の中には、自然の成長によってこれを形成したものもあれば、自然のテクスチャに対する風や波の作用によって形成されたものもあれば、動物が家を作ったり家から逃げたりすることによって形成されたものもあり、いくつかは自然の原因と結果であり、いくつかは本質的に望ましくない副産物である。 ウサギの糞をチェック！ -何もここで立ち入り禁止ではありません、とにかく私にはよくありません。

しかし、彼らは創造され、彼らは自然の中で自然に形成されています。

自然な円のコレクション

上から左から右へ:

• フジツボ貝

  

• ビーチストーン
• ケシの種の頭
• ヘーゼルナッツ
• 膀胱ワック海藻
• ドングリカップ
• ユーカリの木の種子ポッド
• タマネギのリング
• 魚の背骨9458>アガパンサスの花–円の幾何学が一緒に花びらのパターンを作る
• ウニ
• ボトルブラシの木から種子鞘
• ウサギの糞
• 第三四半期の月
• 石英スルーロック
• 波と風の動きによって手のひらのボール型
• サンゴの小穴の穴
• 金環日食
• 衰退三日月
• ホーネットワスプ
• 泡に囲まれた巣ケーシング
• 衰退ギブス月
• 膀胱ワック海藻
• 杉の木のリング
• 竹のスライス
• 食べ物を求めて軟体動物9458>新月
• ユーカリの種子ポッドの蓋
• 木の枝の周りに形成された樹皮に囲まれたドングリカップ

この特定のページでは、カンチレバーされたウィンドウのクロスワードの手がかりの解決策を見つけるでしょう。 この手掛かりは、最後の手掛かりが収まらないか、何か間違っている場合には、月にニューヨーク*タイムズ*クロスワードで見られました10 2018私達に連絡してく

カンチレバーウィンドウで行われますか？ 戻って、ニューヨークタイムズのクロスワード月10 2018のための他のクロスワードの手掛かりを参照してください。

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私はアメリカに大家族 それは本当に四つの私の小さな肉親で構成されています。 そして、それでも、Dが会った唯一の家族は、迅速な食事のカップルの上に、私のお母さんでした。 だから、私が彼を中国に連れて行ったとき、彼は彼が何のためにいたのか分からなかったと言うのは正確です。

そして、突然、2ヶ月のスパンで、彼は北京の私の母の側と蕪湖の私の父の側の両方とかなりの時間を過ごしました（これについては、今後の投稿で！). 私は最大の拡張家族を持っていませんが、彼らはサイズが不足しているもの、彼らは熱意で補う。 私は中国で私の家族に会うことは、中国の多くの方法に慣れていないDにとってはかなりショックだったと思います。

はい、Dは彼が中国の女の子と一緒にいたことを知っていました。 しかし、私はアメリカで育った中国の女の子です,離れて私の家族のほとんどから,したがって、私たちの関係に中国のネスのいずれかを持っていませ この中国旅行の多くは、お互いについての詳細を学ぶことについてされています,そして今,二ヶ月後,これはDがについて学んだものです日付中国の女:

(私は実際に彼をゲストポストに入れようとしましたが、彼は忙しすぎたので、私は彼のためにそれを書きました！)

1. あなたが食事に招待されるたびに、たとえそれがほんの少しの軽食であっても、それが食べ物の全体のテーブルの広がりであることを期待してくださ あまりにも多くの食べ物は、十分な食べ物ではない、あるいはちょうど右の量の食べ物よりも優れているので。 食べ物が美味しくて飢えていても、あなたは自分のペースを保つのが最善です。 間違いなく、彼女の家族は食事を通して食べ物であなたのプレートを積み重ねることになるので、ゆっくりと決して完全に完全に食べる。 そして、あなたは絶対に拒否することはできません。

2. そして、彼らはあなたが食べていないことを確認した場合、それは最も確かにあなたが食べ物を好きではないことを意味します。 いいえ、それはおそらくあなただけの力を供給されてきたので、今、あなたはあなたが投げる寸前にしているように詰めていることはできません。

おばあちゃんの料理は最高です！

3. そして、あなたが去るとき、あなたは他の軽食や食べ物の袋と一緒にすべての残り物を与えられます。 彼らはあなたが食べるのに十分ではないことを永遠に心配しているからです。 または、あなた自身で食べ物を見つけることができないということです。

4. あなたが病気を感じるのわずかなヒントを言及した場合、彼女の家族は病院にあなたを取るために提供します。 そして、あなたが拒否した場合（胃の混乱や鼻水が完全にあなた自身で管理することができるので）、彼らは少なくともあなたに薬を買うために尽く

5. 彼らは常にあなたの現在の状態を心配します。 お腹すいたの? 寒い？ 本気？ それは少し風が強いですし、あなたはジャケットを着ていません。 傘はありますか？ 後で雨が降るかもしれません。 あなたの部屋のACは働いていますか？ あなたは疲れていますか？ 最初に仮眠の少しのために横になりたいと思うか。 ああ、見て、あなたはちょうどあくび、より良い昼寝を取りに行く。…

要約

PIP:国家家族計画委員会は、人口の二千分の一の間で1988年に実施された出生 1975年から1988年の間の中国の幼児死亡率（IMR）が評価された。 中国のIMRは1975年から1987年の間に年率3.12％で減少した。 IMRは男性の62.9/1000生出生から36.6/1000に減少し、45から減少した。6/1000～35.2/1000 都市部では、男性のIMRは35.08/1000で1975年と21.73/1000で1987年、女性のIMRは33.24/1000で1975年と23.25/1000で1987年でした。 農村部では、男性のIMRは68.32/1000で1975年と39.64/1000で1987年、女性のIMRは48.14/1000で1975年と38.07/1000で1987年でした。 ＩＭＲは，両親が農業に従事している幼児の間で，労働者や公務員であった親よりも実質的に高かった。 IMRは、少数民族の間よりも漢民族の間で約50％低かった。 ＩＭＲは，母親が文盲の乳児では，母親が高校卒業生の乳児よりも有意に高かった。 家族の第二子であった人のIMRは、第一子であった人のIMR、および第一または第二子であった人のIMRよりも高い傾向があった。 IMRは、母親が25-29歳で出産した乳児の中で最も低く、次いで母親が20-24歳と30-34歳で出産した乳児であった。 IMRの第二レベル（20-50/1000）は、中国で優勢であった。 IMRは中国南西部、北西部、中南部で高く、おそらく経済的および教育的発展のレベルが低く、医療が不十分であったことに起因しています。 1975年から1987年の間のIMRの顕著な低下は、経済、教育、および医療の改善を示した。 1980年のIMRは、世界では97/1000、先進国では20/1000、発展途上国では110/1000であった。

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この名前は”明確で、明るく、有名で、輝かしいもの”を意味する帝国ラテン語の単語”clàrus”に由来しています。 英語では、もともとクレアの形で、名前は中世から使用されており、その後、19世紀の間にクララの形に置き換えられました。 1）アッシジのクレアは、イタリアの聖人とアッシジの聖フランシスコの最初の信者の一人です）。 彼女はフランシスコ会の伝統の中で女性のための修道院の宗教秩序である貧しい女性の勲章を創設し、女性によって書かれたことが知られている最初の修道院の規則である”人生の規則”を書いた。 彼女の死後、彼女が設立した勲章は、彼女の名誉のために聖クレア勲章と改名され、今日では一般的に貧しいクレールと呼ばれています。 キアラ・ダ・モンテファルコ（イタリア語:Chiara da Montefalco,1268年-1308年）は、アウグスティヌスの修道女、修道院長。 修道女になる前、聖クレアは聖フランシスコの第三位（世俗的）のメンバーでした。 彼女は1881年12月8日に教皇レオ13世によって列聖された。 祝宴の日は伝統的に8月11日と8月17日に祝われます。

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私は私の鶏の現象以来、より多くのラップを作るためにかゆみしてきました,ほうれん草&クリームチーズトルティーヤラップと私は最終的にそれに周りを取得しています. あなたはこのラップでfall.in.loveしようとしています！ それは絶対に素晴らしいです,言及しないように100%健康と完全に罪悪感無料. これのインスピレーションは、他の夜の夕食を調理するために起こった私の友人の夫から来ました。. そして、私は彼らと彼らのめちゃくちゃ愛らしい双子の赤ちゃんとの時間を過ごす上にあることが起こった！!! 彼は私たちのためにチポトレアイオリソースでチキンタコスを作った。 約束だ 私はちょうど約アイオリのボウルに私の頭をダンクしたかったです。 それは信じられないほどだった。

シンプルで健康的でおいしいランチとディナーのアイデアをもっと多くもたらすための努力の中で、このラップが生まれました。 かなり私はタコスのアイデアを取り、生活玄米トルティーヤのためのグルテンフリー食品でそれをロールバック

, おいしいマッシュポテトアボカド、これまでとても少し”健康的な”チポトルソース（タバスコチポトルペッパーとマコーミックチポトルチリペッパーで作られた）とそれを広げ、あなたの典型的なタコスのトッピングでそれをトッピングした。 ブーン 私が今まで食べた中で最もおいしいラップの一つ！

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コース：メインコース

料理：アメリカ

キーワード：チキン、南西部、ラップ

準備時間：4分

合計時間：4分

サービング：4

カロリー：4

カロリー：4分

カロリー：4分

カロリー：4分

カロリー：4分

カロリー：4分

カロリー：4分

カロリー：4分

カロリー：4分<:494kcal>

著者:イボンヌ

おいしい、健康である容易な昼食か夕食の考えを必要とするか。 この南西Chipotleの鶏の覆いはyoがあなたの新しいGO-にである必要があります! それは味と超健康が詰まっています！

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成分

溺死した猫は、犬の歩行者によって救われ、動物がサウス-ヨークシャーの堤防に投げ込まれたのを見た。

男は日曜日、ベントレーのフィンクル通り沿いで犬を歩いていたとき、猫が黒いホンダの車からミル堤防に投げ込まれているのを見た。

彼はなんとか猫-長髪の生姜-を水から救い、通り過ぎていた女性に犬が彼女を怖がらせた場合に備えて助けてくれるように頼んだ。

RSCPA動物慈善団体は現在、動物の所有者を追跡しようとしている。

ヨークシャー周辺からのより多くの物語

通行人の女性は、彼女が体重が低く、膿瘍が露出していることに気づいた後、猫の世話を引き継ぎ、治療のために獣医に連れて行った。

ウィートリーの獣医4匹のペットのスタッフは、それ以上の医療上の問題があるかどうかを確認できるように、艶消しの毛皮を切り取って、彼女がノミ

この猫（現在はHoneyという名前）は、その後、BawtryにあるRspcaのDoncaster and Rotherham支店に移され、彼女は元気で、今は彼女を暖かく保つために赤いジャンパーを着ている、とスタッフは述べている。

RSPCA動物救助検査官グレアム-ペティは言った: “人が無視された猫を水の中に投げ込んでほぼ確実に死に至らせることは絶対にひどいことです。

「彼女は完全に水中に沈んでいたし、彼女の弱い状態と彼女が寒かったという事実のために、犬の歩行者が介入しなければ、彼女は生き残っていな 彼の英雄的な行動は彼女の命を救った。”

ペティ氏は付け加えた：”彼女は独特の長髪のジンジャー猫で、二歳くらいなので、誰かが彼女が誰に属していたかを知っていると信じています。

「蜂蜜を助けてくれた男にも話をしたいのだが、彼は私たちを助ける情報を持っているかもしれない。”

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