四脚類の最も近い生きた親戚の同定は、脊椎動物の系統学において重要であるが、依然として論争されている問題である。 三つの仮説が可能であり、長い時間前（400Ma）に発生した比較的急速な種分化イベントに起因する弱い系統発生信号結合非系統ノイズのために、大規模な分子データセットであっても代替案を除外することは困難であることが証明されている。 ここでは、系統学的観点から土地脊椎動物の最も近い生きている相対のアイデンティティを再訪し、すべての現存するlungfish属の新しいゲノムデータを含 RNA-seqは、現在、彼らの巨大な（50-130Gb）と反復ゲノムのために肺魚で技術的に実現可能ではないゲノムシーケンシングに大きな代替であることが証明されています。 系統誤差の最も重要な原因，すなわち長枝引力（ＬＢＡ），組成不均一性および欠損データの分布を調べ，異なる補正技術を適用した。 多種合体アプローチは、初期の筋甲状分裂を分離する短いと深い節間から来るかもしれない深い合体を説明するために使用されます。 連結法は、強力な統計的支持を持つ四肢動物の最も近い生きている親戚として肺魚を支持した。 アミノ酸プロファイル混合モデルは、系統誤差を回避する能力のおかげで、この困難な節間を明確に解決することができます。 我々は、異なるサイト異種モデルとデータの分割のパフォーマンスを評価し、分類群の操作、系統間率の異質性の減少と高速進化または組成的に異質な位置の除去を含むLBAを克服するために設計された異なる戦略の能力を比較した。 四脚類の姉妹群としての肺魚の同定は、非定常組成と欠損データの分布の影響に関して堅牢である。 再構成された多種合体法は、普及した遺伝子ツリーの異質性にもかかわらず、連結と一致したトポロジーを強く支持した。 アライメントにおける信号対雑音比を増加させることにより，初期のサルコプテリギアン関係に対する代替トポロジーを拒否した。 ここで概説されている分析パイプラインは、データの品質、モデルの妥当性を評価し、系統誤差を評価するための方法と確率的系統推論を組み合わせた、したがって、生命の木の中で同様に困難な節間を解決するのに役立つ可能性が高いです。 .