初期の生涯（紀元前175年以前）編集
彼女がクレオパトラ1世の娘であれば、彼女はプトレマイオス6世Philometorとプトレマイオス8世Euergetes II Tryphonの完全な姉妹であり、そうでなければ彼女は彼らの異母姉妹であった。 彼女は最終的に彼女の兄弟の両方と結婚するだろう。
最初の共同摂政（紀元前175-131）編集
紀元前176年に彼女の推定される母親、クレオパトラIが死亡した後、クレオパトラIIは紀元前175年に兄プトレマイオスVIフィロメトルと結婚した。 クレオパトラ2世、プトレマイオス6世とその兄弟、プトレマイオス8世は、紀元前170年から紀元前164年までエジプトの共同統治者であった。
紀元前169年、シリアのアンティオコスIVがエジプトに侵攻した。 プトレマイオス6世フィロメトルはアレクサンドリアの外でアンティオコス4世と合流した。 プトレマイオス6世はメンフィスで戴冠し、クレオパトラ2世と共に統治した。 紀元前164年、クレオパトラ2世とその夫はプトレマイオス8世によって一時的に退位されたが、紀元前163年に権力を回復した。
プトレマイオス6世は紀元前145年に死去した。 クレオパトラ2世は弟のプトレマイオス8世エウエルゲテス2世と結婚することに同意し、プトレマイオス8世はプトレマイオス6世とクレオパトラ2世の息子プトレマイオス7世ネオス・フィロパトル（英語版）を殺害し、自ら王位を継承した。
紀元前142年から紀元前139年の間、プトレマイオス8世はクレオパトラの妹で姪のクレオパトラ3世と結婚した。
ソレ摂政(紀元前131年-紀元前127年)編集
クレオパトラ2世は紀元前131年にプトレマイオス8世に対して反乱を起こし、彼とクレオパトラ3世をエジプトから追い出した。 この時、プトレマイオス8世はプトレマイオスの姉クレオパトラ2世の息子であるプトレマイオス・メンフィスを切断させ、アレクサンドリアのクレオパトラ2世に誕生日プレゼントとして頭と手と足を送ったと言われている。
クレオパトラ2世は紀元前127年まで唯一の支配者としてエジプトを支配した。 彼女はシリアへの逃亡を余儀なくされ、娘のクレオパトラ-テアと義理の娘デメトリウスIIニカトルと合流した。
三代在位（紀元前124年-紀元前116年）編集
クレオパトラ2世とプトレマイオス8世の公の和解は紀元前124年に宣言された。 この後、プトレマイオスが死去する紀元前116年まで兄と娘と共同で統治した。
プトレマイオスVIIIはクレオパトラIIIとその息子の一人によって支配されるために王国を去った。 クレオパトラ3世はアレクサンドロスの意向を受けて、兄のプトレマイオス・ラティロスを共同統治者に選んだ。
クレオパトラ2世は紀元前116年頃に歴史上の記録から姿を消した。 彼女は紀元前116年または紀元前115年頃に死亡したと考えられている。