明快さイメージ投射を適用するプロセスは死後の組織サンプルから始まります。 次に、サンプルの脂質含量を除去し、元のタンパク質および核酸のほぼすべてを所定の位置に残す透明性を達成するために、一連の化学処理を適用 これの目的は、組織を透明にし、その構成機能部分（主にタンパク質および核酸である）の詳細な顕微鏡調査に従うことである。 これを達成するためには、既存の蛋白質の構造は脂質の部品は取除かれるが、それを維持する透明な足場に置かれなければならない。 この”足場”はアクリルアミドのようなヒドロゲルの単量体から成っています。 ホルムアルデヒド、パラホルムアルデヒド、またはグルタルアルデヒドのような分子の添加は、保存されるべきタンパク質および核酸への足場の付着を容易にすることができ、熱の添加は、細胞成分とアクリルアミドとの間の実際の結合を確立するために必要である。
このステップが完了すると、標的組織の細胞のタンパク質および核酸成分はしっかりと固定され、脂質成分は分離されたままである。 脂質は洗剤の受動の拡散の1-2週にそれから取除かれるか、または電気泳動方法によって数時間から数日だけに加速されます。 それらが通過すると、洗剤の親油性特性は、それが途中で遭遇する脂質を拾い上げて消費することを可能にする。 DiIとしての親油性染料は除去されるが、隣接するタンパク質に固定することができる透明度適合性の親油性染料がある。 タンパク質やDNAなどの非脂質分子の大部分は、アクリルアミドゲルと関与する分子の化学的性質のおかげで、この手順によって影響を受けません。
最初の論文で報告されているように、組織はこのプロセスの間に膨張しますが、必要に応じて屈折率一致溶液中でインキュベーションの最後のステッ
プロセスのこの段階までに、サンプルは撮像のために完全に準備されています。 イメージングのためのコントラストは、内因性蛍光分子、核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）標識、または免疫染色に由来し得、それによって、特定の標的物質に特異的に結 さらに、これらの抗体は最終的なイメージ投射結果へキーである蛍光札と分類されます。 標準的な共焦点、二光子、またはライトシートイメージ投射方法はすべて従って明快さが作り出す最終的な非常に詳しく、三次元イメージに終って蛋白質の局在化のスケールに、出る蛍光性を検出して適している。
サンプルが画像のために免疫染色された後、抗体を除去して新しい抗体を再適用することができるため、サンプルを複数回画像化し、複数のタンパク質型を標的とすることができる。