Come parte degli accordi della Conferenza di Yalta, un plebiscito si è tenuto in Mongolia nell’ottobre 1945 sotto gli auspici delle Nazioni Unite (ONU), con il voto schiacciante a favore dell’indipendenza rispetto all’autonomia. La Repubblica di Cina riconobbe la Mongolia nel gennaio 1946 e i due paesi firmarono un trattato di amicizia a febbraio. Nel giugno 1946 la Mongolia ha fatto la prima di diverse domande infruttuose per aderire alle Nazioni Unite. Nel frattempo, la Mongolia riconobbe la Repubblica Popolare Cinese alla proclamazione di quest’ultima nel 1949 e stabilì relazioni diplomatiche con la Corea del Nord (1948), i paesi satelliti sovietici dell’Europa centrale e orientale (1950) e l’India (1955). La Mongolia ottenne l’ammissione all’ONU nel 1961 e nel 1963 il Regno Unito divenne il primo paese occidentale a stabilire relazioni con la Mongolia.
Gli anni ‘ 50 furono un periodo di transizione politica e di progresso economico. Choibalsan morì nel 1952 in un ospedale di Mosca e Tsedenbal fu nominato presidente., l’equivalente di primo ministro) del Consiglio dei Ministri, (il più alto organo del potere esecutivo. Nel 1954 il segretario generale del MPRP Tsedenbal fu spodestato da Dashiin Damba, che fu designato primo segretario del MPRP, ma nel 1958 Tsedenbal riprese il controllo del partito-anche come primo segretario-e fece licenziare Damba per motivi ideologici. La collettivizzazione del bestiame è stata completata nel 1950, come i pastori sono stati obbligati a consegnare tutti, ma alcuni dei loro animali alle grandi fattorie cooperative (negdel). La ferrovia trans-mongola – costruita congiuntamente dai mongoli e dai sovietici e completata nel 1955-attraversava la Mongolia da nord a sud e fungeva da simbolo della solidarietà sovietico-cinese, ma fu costruita utilizzando lo scartamento ferroviario sovietico piuttosto che lo scartamento standard utilizzato in Cina. Nel 1958 la Mongolia iniziò a partecipare alle riunioni del Comecon, unendosi a tale organizzazione nel 1962.
La Mongolia e la Cina hanno firmato un trattato di amicizia e assistenza reciproca nel 1960, e i due paesi hanno riscattato amichevolmente la lunga frontiera tra loro. Tuttavia, la disputa ideologica che si sviluppò tra l’Unione Sovietica e la Cina sull’unità e la leadership del movimento comunista inacidì le relazioni della Mongolia con la Cina. La Cina criticò aspramente i sovietici per la loro gestione della crisi missilistica cubana dell’ottobre 1962 con gli Stati Uniti e due anni dopo condusse il suo primo test di bomba atomica—i venti prevalenti che trasportavano la ricaduta radioattiva verso nord nel territorio mongolo. Nel gennaio 1966 la Mongolia e l’Unione Sovietica firmarono un nuovo trattato di amicizia, cooperazione e assistenza reciproca che includeva protocolli segreti che permettevano ai sovietici di stazionare truppe, aerei e missili in Mongolia. Le relazioni sino-sovietiche degenerarono ulteriormente in seguito agli scontri tra le loro truppe lungo il loro confine presso il fiume Ussuri (Wusuli) nel marzo 1969. Nel frattempo, il leader cinese Mao Zedong aveva lanciato il movimento che divenne noto come Rivoluzione culturale (1966-76), durante il quale i mongoli della Mongolia interna in particolare soffrirono considerevolmente.
Nel 1949 il MPRP aveva condannato il modo in cui la storia mongola veniva insegnata, sostenendo che quelli con opinioni “nazionaliste borghesi” stavano esaltando le conquiste di Gengis Khan e il passato “feudale” della Mongolia a scapito delle conquiste del partito e della rivoluzione mongola. Tuttavia, con l’avvicinarsi dell’800 ° anniversario della nascita di Gengis Khan nel 1962, il partito decise di organizzare celebrazioni in suo onore che dovevano includere l’inaugurazione di un nuovo monumento a lui, la consegna di discorsi e l’emissione di una serie di francobolli commemorativi. Tuttavia, a seguito delle critiche sovietiche che etichettavano Gengis un ” reazionario “il cui” giogo tataro-mongolo ” aveva devastato la Russia, la Mongolia annullò rapidamente le celebrazioni e ritirò i francobolli. Seguì una nuova valutazione del MPRP di Gengis Khan, che lo considerava anche un reazionario e che lo accreditava solo per aver unificato le tribù mongole. Qualsiasi deviazione da quella linea era considerata una promozione indesiderata del nazionalismo e non era tollerata. Questa politica soffocò praticamente tutte le discussioni su Gengis Khan e il nazionalismo mongolo per i prossimi 40 anni.
Le tensioni tra Mongolia e Cina aumentarono durante gli anni ‘ 70. La Mongolia accusò la Cina di voler annettere la Mongolia e, come pretesto per le sue rivendicazioni territoriali sul territorio mongolo, di promuovere Gengis Khan come imperatore della dinastia Yuan. La Cina, durante le sue celebrazioni dell ‘ 800 ° anniversario, ha reagito criticando l’Unione Sovietica per aver “occupato” la Mongolia stazionando truppe e attrezzature militari lì. Nell’aprile 1978 la Cina chiese il ritiro sovietico dalla Mongolia, e il premier Tsedenbal visitò prontamente un’unità dell’esercito sovietico di stanza in Mongolia per ringraziarla per aver protetto il paese dalla minaccia cinese.”La Mongolia ha iniziato a espellere gli immigrati cinesi all’inizio del 1979, accusandoli di “complotti espansionistici”, che hanno ulteriormente esacerbato la sfiducia tra i due paesi. Le tensioni nella regione si sono notevolmente attenuate a metà degli anni 1980 quando i leader sovietici e mongoli hanno adottato misure per normalizzare le relazioni con la Cina. Le relazioni diplomatiche sono state ripristinate tra la Mongolia e la Cina nel 1986.