Nel 1768, l’esploratore francese Louis Antoine de Bougainville chiamò l’isola in onore dell’allora ministro degli esteri francese, Étienne François, duc de Choiseul.
Il primo avvistamento registrato dagli europei fu dalla spedizione spagnola dilvaro de Mendaña nell’aprile del 1568. Più precisamente l’avvistamento era dovuto ad un viaggio locale fatto da una piccola barca, nei conti il brigantino Santiago, comandato da Maestre de Campo Pedro Ortega Valencia e avendo Hernán Gallego come pilota. Lo hanno tracciato come San Marcos, e anche chiamato il canale stretto che separa San Jorge da Santa Isabel Island come il canale Ortega dopo il comandante della spedizione.
Nel diciannovesimo secolo gli isolani di Choiseul subirono attacchi da blackbirding (il reclutamento o il rapimento spesso brutale di lavoratori per le piantagioni di zucchero nel Queensland e nelle Figi).
Nell’aprile del 1885, l’Impero tedesco dichiarò un protettorato sulle Isole Salomone settentrionali, inclusa Choiseul. Nel 1900, in base ai termini del Trattato di Berlino (14 novembre 1899), la Germania trasferì le Isole Salomone settentrionali (ad eccezione di Bougainville e delle isole circostanti) al Protettorato britannico delle Isole Salomone in cambio della rinuncia britannica a tutte le rivendicazioni su Samoa. I missionari si stabilirono su Choiseul sotto entrambi i protettorati, convertendo la maggior parte della popolazione al cristianesimo. All’inizio del 20 ° secolo diverse aziende britanniche e australiane iniziarono a piantare cocco su larga scala.
L’antropologo e fotografo austriaco Hugo Bernatzik visitò Choiseul nel 1932. Bernatzik documentò alcuni dei pochi costumi ancestrali rimasti della gente dell’isola e li descrisse in un’etnografia che pubblicò pochi anni dopo. Scattò anche alcune fotografie degli isolani e riportò un’urna di pietra con incisioni, riflettendo una cultura che riteneva morisse a contatto con il mondo moderno.
Durante la seconda guerra mondiale le forze giapponesi occuparono Choiseul nel 1942. Un battaglione di Marines statunitensi effettuò un raid sull’isola nell’ottobre – novembre 1943, per distogliere l’attenzione dagli sbarchi a Capo Torokina.
Dopo l’indipendenza delle Isole Salomone nel luglio 1978, Choiseul è stata amministrata come parte della provincia di Choiseul.