Cos’è il DNA circolare extracromosomiale e cosa fa?

È noto che il DNA nel nucleo cellulare è confezionato sotto forma di cromosomi lineari. Per molti anni, i ricercatori hanno osservato più piccole lunghezze di DNA accanto ai cromosomi che sono organizzati in forme circolari. Alcune di queste particelle, che sono state indicate come DNA circolare extracromosomiale (ECCDNA) o MICRODNA, sono tipicamente piccole (<1 kb), gene-sparse e non amplificate. L’abbondanza totale di eccDNA nelle cellule può arrivare fino a poche centinaia per cellula. Le molecole di eccDNA sono anche presenti nella circolazione in forma senza cellule e offrono la possibilità di servire come biomarcatori a base di sangue. Nei tumori, può essere rilevato un altro tipo di DNA circolare extracromosomiale, che sembra essere esclusivo delle cellule cancerose. Precedentemente indicato come doppio minuti, ma ora indicato come DNA extracromosomiale (ecDNA) perché di solito non sono doppietti, queste particelle ecDNA sono spesso molto grandi (dimensione media 1.3 Mb), altamente amplificato con molte copie per cellula, e contengono molti geni e regioni regolatorie, con un marcato arricchimento per gli oncogeni. È importante sottolineare che nelle cellule tumorali, gli ECDNA sembrano essere più attivi trascrizionalmente rispetto alle loro controparti cromosomiche e sono stati sospettati di conferire un vantaggio di crescita e sopravvivenza alle cellule tumorali. Allo stato attuale, la relazione tra eccDNA nelle cellule normali e ecDNA nel cancro, se ce n’è uno, non è compresa. Essendo una forma così enigmatica di materiale genetico, abbiamo posto domande su ECCDNA ed ECDNA a un gruppo di esperti del settore che hanno studiato aspetti di ECCDNA ed ECDNA, che vanno dalle loro proprietà biofisiche, meccanismi di produzione, ruoli fisiologici, ruoli nella biologia del cancro e potenziale diagnostico.

Cosa fanno gli ECCDNA? Qual è stata la più grande sorpresa per voi su eccDNA finora?

Anton Hensson: ecDNA è un veicolo per amplificazioni proto-oncogene nel cancro. Questo è noto da tempo. Ciò che è stato sorprendente è la frequenza dell’ecDNA nel cancro e la capacità dell’ecDNA di formare strutture molto complesse, comprese parti di cromosomi diversi, nonché la loro capacità di reinserirsi nel genoma.

Paul Mischel: Concentrerò i miei commenti sulla mia area di ricerca, ecDNA in cancer. La più grande sorpresa, per me, è quello che un ruolo critico ECDNA gioca nel cancro umano. I nostri dati suggeriscono che l’ecDNA svolge un ruolo fondamentale nel guidare il comportamento aggressivo di alcune delle forme più maligne di cancro attraverso almeno tre meccanismi di interlacciamento: 1) perché ecDNAs mancanza centromeri, essi sono soggetti ad una non-Mendeliana (cioè, nonchromosomal) eredità, che consente di tumori di raggiungere gli elevati oncogene numero di copie, pur mantenendo intratumoral eterogeneità genetica; 2) il intratumoral eterogeneità genetica generato da questo meccanismo di ereditarietà dei tumori di evolvere rapidamente in risposta alle mutevoli condizioni, compresi i trattamenti, la contabilità per la notevole capacità di alcuni tipi di cancro a cambiare i loro genomi a tassi che non può essere spiegato da cromosomica dell’ereditarietà; 3) l’alto livello di modello del DNA raggiunto dall’ereditarietà e dalla selezione non mendeliana, accoppiato con l’organizzazione alterata della cromatina generata dall’architettura circolare che abbiamo dimostrato (identificata nel lavoro svolto a stretto contatto con il Dr. Howard Chang), si traduce in una massiccia trascrizione di oncogeni. Nel loro insieme, queste caratteristiche cominciano a spiegare perché alcuni tumori sembrano esplodere genomicamente e cambiare, perché non subiscono spazzate selettive puri, e perché qualsiasi cellula del tumore sembra essere in grado di ricapitolare l’intero tumore, con il suo spettro completo di eterogeneità, in alcuni tipi di cancro. Fornisce anche alcune informazioni sul motivo per cui le terapie mirate contro gli oncogeni amplificati su ecDNA non hanno avuto il successo previsto.

Anindya Dutta: gli ECCDNA lunghi visibili nei tumori mediante cariotipo, chiamati anche doppi minuti o ECDNA, sono noti per trasportare oncogeni amplificati per promuovere i tumori. Risultati recenti suggeriscono che esiste una grande popolazione di ECCDNA più piccoli, <1000 bp lunghi che costituiscono il 90% dell’eccDNA nelle cellule normali e nelle linee cellulari tumorali. Le cellule tumorali contengono anche ECDNA più lunghi, non sempre visibili mediante cariotipo, che variano in dimensioni da 1 kb a quella dei doppi minuti. I cerchi che sono abbastanza lunghi da contenere geni completi possono sovraesprimere i geni e amplificarli. Ciò è molto importante per i cancri che contengono i ecDNAs lunghi. La funzione dei piccoli cerchi non è chiara, ma abbiamo dimostrato che possono esprimere gli RNA in modo deregolamentato e che gli RNA vengono trasformati in microRNA e piccoli RNA interferenti per reprimere i geni cellulari.

Per me, la più grande sorpresa rimane la nostra scoperta originale di quanto siano onnipresenti gli ECCDNA, anche nei tessuti normali e il fatto che la maggior parte di essi sia somaticamente mosaico (diverso tra diverse cellule) anche nei tumori. È solo quando danno un vantaggio selettivo alle cellule, come fanno gli oncogeni portatori di ECCDNA nei tumori, che lo stesso eccDNA è visto in molte cellule in un tumore.

Birgitte Regenberg: Per scoprire che: 1) eccDNA è un elemento genetico comune nelle cellule eucariotiche, 2) eccDNA può derivare da tutte le parti dei genomi eucariotici, 3) la selezione può portare alla co-amplificazione di enhancers e oncogeni su eccDNA complessi nei tumori, 4) alcuni loci sembrano formare eccDNA ricorrentemente e ad alta velocità nel lievito (CUP1 e HXT6 HXT7). Quest’ultimo risultato è davvero interessante, perché suggerisce che eccDNA può svolgere un ruolo importante nell’evoluzione fornendo un rapido adattamento ai cambiamenti nell’ambiente (alto cupper, CUP1 e basso glucosio, HXT6 HXT7).

Dennis Lo: Il mio gruppo si è interessato all’eccDNA quando abbiamo iniziato a cercare molecole circolari di DNA nel plasma umano. Il nostro viaggio è iniziato con l’indagine del DNA mitocondriale (mtDNA), che esiste all’interno di un mitocondrio come un pezzo circolare di molecola di DNA di circa 16 kb. I nostri risultati hanno dimostrato che nel plasma umano esistono molecole di mtDNA sia circolari che lineari. Una sorpresa di questo lavoro è la nostra dimostrazione che le molecole di mtDNA circolari e le molecole di mtDNA lineari hanno diversi tessuti di origine. Quindi, le molecole circolari di mtDNA provengono prevalentemente dal sistema ematopoietico, mentre le molecole lineari di mtDNA provengono prevalentemente dal fegato.

Da allora abbiamo esteso il nostro lavoro per cercare eccDNA nel plasma. In particolare, abbiamo dimostrato che le molecole di eccDNA fetale sono rilevabili nel plasma delle donne in gravidanza. Il nostro gruppo è interessato da molti anni alla distribuzione dimensionale del DNA circolante. È interessante notare che le molecole di eccDNA nel plasma materno (con picchi di dimensioni prominenti a 202 bp e 338 bp) hanno una distribuzione dimensionale più lunga rispetto alle molecole di DNA lineare (dimensione modale a 166 bp). Il nostro precedente lavoro sulle molecole di DNA lineare nel plasma ha dimostrato che le molecole di DNA fetale lineare nel plasma materno hanno una distribuzione dimensionale leggermente più breve rispetto alle molecole di DNA lineare di origine materna. Un’altra sorpresa del nostro lavoro è che abbiamo osservato una simile mancanza di molecole eccDNA fetali circolanti rispetto a quelle di origine materna.

Qual è la tua ipotesi preferita riguardo al meccanismo di produzione di ECCDNA all’interno delle cellule? Quali prove ci sono a sostegno di questa ipotesi?

Anindya Dutta: Penso che gli ECCDNA siano prodotti come sottoprodotto della riparazione del DNA. La prova principale di questo è che sono aumentati da agenti che aumentano il danno al DNA, e abbiamo riferito che alcuni geni di riparazione del DNA come MSH3 (coinvolti nella riparazione di mancata corrispondenza) sono necessari per produrre ECCDNA.

Birgitte Regenberg: Sono favorevole a un modello in cui qualsiasi forma di danno al DNA possa potenzialmente portare alla circolarizzazione del DNA attraverso i noti meccanismi di riparazione del DNA. Ciò comporta la loro formazione attraverso la ricombinazione omologa, la microomologia e l’estremità non omologa che si uniscono ad altre vie di riparazione del DNA. La maggior parte delle nostre prove si basa sull’omologia attorno al punto di rottura cromosomico che ha portato all’eccDNA, e penso che siano ancora necessari studi sui mutanti per stabilire la causalità. La ri-replicazione potrebbe anche produrre DNA circolare, come spiegato nel modello di amplificazione a ripetizione invertita dipendente dall’origine (da Maitreya Dunham), ma dobbiamo ancora esplorare quanto sia importante questo meccanismo. Oltre ai processi casuali, alcuni cerchi si formano attraverso la ricombinazione diretta (i cerchi di escissione del recettore delle cellule T) e la retro-trasposizione quando la lunga ripetizione terminale eccDNA deriva dalla circolarizzazione del DNA lineare extracromosomiale durante il ciclo di vita trasposizionale dei retrotrasposoni.

Anton Henssen: Sulla base della letteratura pubblicata e delle nostre osservazioni, credo che potrebbero esserci molti meccanismi diversi che contribuiscono alla generazione di eccDNA. EccDNA può essere creato attraverso processi catastrofici di riarrangiamento del genoma come la cromotripsi, ma ci sono anche altri processi di instabilità genomica che possono contribuire alla loro formazione.

Paul Mischel: Ancora una volta, concentrerò le mie risposte sull’ecDNA nel cancro. C’è una visione storica della formazione ecDNA, o in quel momento chiamato formazione doppio minuto, in cui succede qualcosa che si traduce nella rimozione di un tratto di DNA dalla sua posizione cromosomica nativa, seguita da replicazione e amplificazione come ecDNA. Ricercatori, tra cui Robert Schimke, Geoff Wahl, Nicholas Vogt e Bernard Malfoy, tra gli altri, hanno contribuito a questa conoscenza. I meccanismi molecolari precisi, la loro relazione con possibili anomalie nel danno al DNA e nel sistema di risposta, rimangono incompleti. È un’area di ricerca attiva, anche nel nostro laboratorio. Inoltre, David Pellman e altri avevano suggerito che la cromotripsi, che si verifica quando un cromosoma in ritardo viene “bloccato”, inserito in un micronucleo e tagliato in modo efficace, potrebbe potenzialmente formare ecDNA. Un recente lavoro sperimentale di Peter Ly e Don Cleveland, in cui hanno ingegnerizzato un cromosoma Y cromotriptico, suggerisce che la cromotripsi può portare alla formazione di ecDNA come meccanismo di amplificazione genica. Pertanto, è del tutto possibile che più meccanismi possano portare alla formazione di ecDNA, che viene quindi agita dalla selezione. Sarà importante sviluppare una comprensione meccanicistica più profonda dei processi che contribuiscono alla formazione dell’ecDNA.

Dennis Lo: Nel nostro lavoro di analisi della distribuzione dimensionale che coinvolge molecole eccDNA nel plasma materno, abbiamo osservato una serie di prove rivelatrici di firme nucleosomiali. Ad esempio, abbiamo osservato una periodicità di 10 bp nella distribuzione delle dimensioni in prossimità dei picchi di dimensioni prominenti di 202 bp e 338 bp. La nostra congettura è che la dimensione di 202 bp è approssimativamente quella di un nucleo nucleosomico più due linker, mentre la dimensione di 338 bp è approssimativamente quella di due nuclei nucleosomici più due linker. Un’altra osservazione notevole è che tra le molecole di eccDNA più frequentemente osservate nel plasma materno, abbiamo osservato quattro serie di motivi trinucleotidici nel sito giunzionale di una molecola di eccDNA. In tale sito, il primo e il terzo motivo sono ripetizioni dirette, mentre il secondo e il quarto sono un altro insieme di ripetizioni dirette. Speriamo che queste osservazioni contribuiscano a una migliore comprensione del meccanismo di produzione di eccDNA. Comprendiamo pienamente che non abbiamo tutte le informazioni per costruire un modello completo, ma crediamo che il campo nel suo complesso stia avanzando verso questo.

Cosa si sa di ECCDNA e cancro? In che modo gli ECCDNA contribuiscono alle proprietà maligne delle cellule tumorali?

Paul Mischel: Abbiamo imparato quanto segue: 1) ecDNAs sembra essere esclusiva per il cancro, o almeno, dobbiamo ancora vedere in cellule normali, 2) ecDNAs auto di alta oncogene numero di copie e mantenere intratumoral eterogeneità genetica attraverso il loro meccanismo di non-Mendeliana, nonchromosomal eredità; 3) ecDNAs, a causa di questo meccanismo di ereditarietà, possono cambiare il loro genomi rapidamente, tra cui per eludere terapie; 4) il modello di DNA a livello di ecDNA, accoppiato con l’alterato architettura della cromatina, unità massiccia oncogene di trascrizione, e può rimodellare l’epigenoma in modo tale da contribuire alla tumorigenesi.

Anton Henssen: ecDNA non è solo un veicolo per l’amplificazione oncogene, ma può anche contribuire al rimodellamento del genoma attraverso la sua reintegrazione nel genoma lineare. Abbiamo dimostrato che la reintegrazione circolare del DNA porta all’interruzione delle regioni genomiche funzionalmente importanti e che questa interruzione potrebbe contribuire a molte caratteristiche maligne delle cellule tumorali.

Birgitte Regenberg: Sappiamo che l’amplificazione di un certo numero di oncogeni su eccDNA è correlata al cancro e i pazienti oncologici con alcune amplificazioni di eccDNA hanno una prognosi infausta. È probabile che la sovraespressione di oncogeni come MYC ed EGFR su eccDNA riprogrammino le cellule e inducano lo stato tumorigeno.

Anindya Dutta: I cerchi nei tumori sono più lunghi di quelli nelle cellule normali, ed è stato suggerito che ottengano un nome diverso: ecDNAs. Ora sappiamo che sono presenti in quasi tutti i tumori, ma non sono abbastanza grandi da essere rilevabili come minuti doppi dalla citogenetica. Gli ECDNA lunghi portano geni completi, e quando questi geni sono oncogeni o geni del cancro-driver, gli ECDNA consentono la loro sovraespressione e amplificazione. Ad esempio, gli ECDNA portano i seguenti oncogeni: l’oncogene MDM2 (originariamente scoperto in un doppio minuto) inattiva il soppressore del tumore p53, mentre l’oncogene EGFR rende le cellule di glioma e glioblastoma iper-sensibili all’EGF. Poiché gli ECDNA non sono separati equamente tra le cellule figlie, la distribuzione casuale dei cerchi tra le cellule figlie rende più facile per alcune delle figlie ottenere più copie dei cerchi e quindi ottenere un vantaggio di crescita esprimendo più di un oncogene codificato. Pertanto, l’eredità non mendeliana dei cerchi del DNA rende più facile per la cellula tumorale amplificare i cerchi che danno al cancro un vantaggio di crescita.

Pensi che eccDNAs potrebbe servire come biomarcatori per la valutazione della malattia, in quali modi e come?

Dennis Lo: Penso che le molecole eccDNA nel plasma sarebbero una direzione interessante per la ricerca sui biomarcatori. Una sfida è che la loro concentrazione complessiva sembra essere sostanzialmente inferiore a quella delle molecole di DNA lineari nel plasma. La grande distribuzione delle molecole di eccDNA nel plasma ha un vantaggio che molecole più lunghe potrebbero potenzialmente trasportare più informazioni genetiche ed epigenetiche dal tessuto di origine.

Anindya Dutta: Abbiamo già dimostrato che gli ECCDNA sono 1) rilasciati nel sangue dai tumori e dal feto e 2) possono essere rilevati e quantificati nel pool di DNA circolante senza cellule. Perché sono più lunghi (media: 250 basi) rispetto al DNA circolante libero da cellule lineari (media: 150 basi) e più stabili, ECCDNA senza cellule circolanti potrebbero essere utili per rilevare mutazioni in oncogeni (nei tumori) o per rilevare mutazioni in geni importanti per lo sviluppo (per test non invasivi-prenatali). La dimensione più lunga dei cerchi osservati nei tumori rispetto al tessuto normale può anche essere utile come strumento di screening nella biopsia liquida dei tumori.

Birgitte Regenberg: Sì, penso che l’eccDNA possa potenzialmente fungere da biomarcatore per una serie di malattie legate alla mutazione e al riarrangiamento genomico. EccDNA dal gene del recettore delle cellule T è già utilizzato per il rilevamento di grave malattia da immunodeficienza combinata e dati recenti hanno dimostrato che eccDNA da un feto può essere rilevato nel plasma della madre. Sembra probabile che altri eccDNA nel plasma possano servire da marcatori per il monitoraggio dei tumori, sebbene la concentrazione di eccDNA nel plasma sia probabilmente limitante.

Anton Henssen: In oncologia pediatrica, l’ecDNA sotto forma di cromosomi a doppio minuto contenenti MYCN è già un biomarcatore consolidato per la valutazione del rischio clinico in pazienti affetti da neuroblastoma. Credo che allo stesso modo, altri ECDNA potrebbero servire come biomarcatori per varie proprietà della malattia in molte entità tumorali.

Paul Mischel: Sì, ci sono dati considerevoli che suggeriscono che l’ecDNA può essere un biomarcatore di tipi di cancro più aggressivi e può fornire nuove informazioni sulla capacità di alcuni tumori di evolversi così rapidamente, anche in risposta alle terapie. Ci sono anche ragioni convincenti per pensare che i pazienti i cui tumori sono guidati da ecDNA potrebbero dover essere trattati in un modo diverso.

Qual è il tuo approccio preferito per analizzare eccDNA e quali sono i vantaggi?

Birgitte Regenberg: La maggior parte degli eccDNA esiste in basso numero di copie e non viene catturata dal sequenziamento dell’intero genoma. Per misurare sia alta e bassa copia eccDNA, il mio laboratorio ha sviluppato metodi per isolare, sequenza, e assemblare eccDNA (Circle-Seq e Circle-Map, in collaborazione con L. Maretty, D. Botstein, e M. Mohiyuddin). Questi metodi ci permettono di profilare eccDNA attraverso genomi in una data cellula e condizione. Possiamo così ottenere informazioni su come eccDNA correla con l’età e la malattia (collaborazioni con J. S. Johansen e Y. Lou), e a livello di base capire come si formano, si evolvono, e periscono in una popolazione di cellule.

Anindya Dutta: Il mio laboratorio ha utilizzato principalmente l’amplificazione del cerchio rotolante di cerchi resistenti all’esonucleasi con esameri casuali seguiti da sequenziamento accoppiato (Cercatore di cerchi) per identificare le giunzioni che sono caratteristiche dei cerchi. Poiché la maggior parte degli esperimenti di genomica non include l’amplificazione del cerchio rotante, non possiamo ri-analizzare i dati genomici generati da altri gruppi per identificare i cerchi. Tuttavia, recentemente abbiamo dimostrato che il test per la cromatina accessibile alla trasposasi utilizzando il sequenziamento (più economico) o il sequenziamento dell’intero genoma (molto più costoso) può rilevare cerchi di DNA. Speriamo che queste tecniche più ampiamente utilizzate consentano l’identificazione di cerchi in set di dati già esistenti. Inoltre, un recente documento di Dennis Lo e colleghi di lavoro, mostra che i cerchi possono essere rilevati dalla digestione con enzimi di restrizione di taglio comuni e sequenziamento dei frammenti per le giunzioni.

Dennis Lo: Per prima cosa trattiamo il DNA plasmatico con un’esonucleasi che rimuoverebbe gran parte delle molecole di DNA lineari nel campione. Quindi, taglieremmo i cerchi, usando enzimi di restrizione o una trasposasi, per formare molecole di DNA lineari per ulteriori analisi (ad esempio, sequenziamento del DNA). Pensiamo che il metodo basato sulla trasposasi abbia un vantaggio che, a differenza dell’approccio basato sugli enzimi di restrizione che richiede l’esistenza di un sito di riconoscimento degli enzimi di restrizione all’interno della molecola eccDNA, il metodo della trasposasi può potenzialmente agire su qualsiasi molecola eccDNA.

Paul Mischel: Il mio collega Vineet Bafna ha sviluppato un potente kit di strumenti, tra cui Amplicon Architect e Amplicon Reconstructor per analizzare la struttura ecDNA. In effetti, il lavoro in corso con il Dr. Bafna e il Dr. Verhaak è stato condotto per analizzare meglio l’ecDNA in database di sequenziamento dell’intero genoma disponibili al pubblico. Inoltre, lavorando a stretto contatto con i colleghi Drs. Howard Chang e Bing Ren, stiamo usando aspetti del kit di strumenti “epigenetici” per caratterizzare l’ecDNA nel cancro.

Anton Henssen: Ci piace isolare e sequenziare specificamente l’ecDNA con un sequenziamento a lunga lettura, che offre l’opportunità di mappare accuratamente la struttura dell’ecDNA.

Quali sono le domande di ricerca relative a eccDNA siete più desiderosi di esplorare?

Paul Mischel: Siamo molto interessati a comprendere una serie di questioni critiche relative all’ecDNA, non elencate in ordine di importanza. In primo luogo, come si forma l’ecDNA e quali sono i principali “attori” molecolari coinvolti nella sua formazione? In secondo luogo, quali sono i meccanismi molecolari coinvolti nel mantenimento e nella funzione dell’ecDNA? Sono utilizzati diversi componenti? Gli stessi componenti sono usati in modo diverso? In terzo luogo, quali sono le implicazioni cliniche per i pazienti? ecDNA può essere usato per dirci qualcosa di importante sul decorso clinico? In quarto luogo, possiamo trovare punti di intervento che possono essere utilizzati per sviluppare nuovi trattamenti che aiuteranno i pazienti i cui tumori sono guidati da ecDNA?

Anton Henssen: Come scienziato medico, sono molto ansioso di esplorare le possibilità di utilizzare la nostra comprensione sull’ecDNA per trovare nuovi approcci diagnostici e terapeutici per i pazienti affetti da tumori guidati dall’ecDNA.

Dennis Lo: Vorrei esplorare la capacità di eccDNA nel plasma materno per rilevare o monitorare i disturbi associati alla gravidanza (ad esempio, preeclampsia). Sono anche interessato a sviluppare approcci più recenti e potenzialmente più completi per l’analisi eccDNA. Sono consapevole che le metodologie attualmente disponibili potrebbero avere determinati pregiudizi in sottoinsiemi selezionati di molecole eccDNA circolanti.

Anindya Dutta: Voglio trovare le funzioni degli ECCDNA presenti nelle cellule normali. Poiché sono così onnipresenti e somaticamente mosaico, sarà molto eccitante se contribuiscono all’eterogeneità inter-cellulare nei tessuti normali o contribuiscono a qualche forma di patologia. Voglio anche delineare quali percorsi sono coinvolti nella formazione dei cerchi nelle cellule normali e tumorali, nella speranza che interferire con questi percorsi nei tumori ci consenta di aiutare a eliminare i tumori dei potenziali loci di amplificazione genica e quindi aiutare nella terapia. Infine, voglio vedere l’adozione del sequenziamento eccDNA nelle biopsie liquide dei tumori e nei test prenatali non invasivi delle malattie genetiche nel feto.

Birgitte Regenberg: Oltre a capire come eccDNA potrebbe contribuire alla variazione genetica e l’evoluzione dei genomi eucariotici, sono ansioso di capire come eccDNA è formato e mantenuto in un genoma. È probabile che quattro fattori determinino il turnover di un DNA circolare in un lignaggio cellulare: la velocità con cui si forma dal suo locus cromosomico, la sua capacità di replicarsi, la sua modalità di segregazione, così come il vantaggio di crescita o svantaggio che fornisce alla sua cellula ospitante. Inoltre, le cellule eucariotiche possono potenzialmente avere meccanismi per degradare o secernere eccDNA. Ciò è particolarmente importante per le cellule meiotiche negli organismi multicellulari, poiché l’eccDNA nella linea germinale potrebbe avere grandi effetti negativi nella prossima generazione. Dati recenti dal lievito suggeriscono che le cellule meiotiche hanno effettivamente evoluto meccanismi per sequestrare un sottoinsieme di eccDNA (dal laboratorio di Uchal a Berkley), e sembra probabile che lo stesso sarà vero per le cellule germinali in organismi multicellulari come gli esseri umani.

Contributi dell’autore

Tutti gli autori hanno confermato di aver contribuito al contenuto intellettuale di questo articolo e di aver soddisfatto i seguenti 4 requisiti: (a) contributi significativi alla concezione e alla progettazione, all’acquisizione di dati o all’analisi e interpretazione dei dati; (b) redazione o revisione dell’articolo per contenuto intellettuale; (c) approvazione finale dell’articolo pubblicato; e (d) accordo di essere responsabile di tutti gli aspetti dell’articolo garantendo così che le questioni relative all’accuratezza o all’integrità di qualsiasi parte dell’articolo siano adeguatamente investigate e risolte.

Divulgazione degli autori o potenziali conflitti di interesse

Al momento della presentazione del manoscritto, tutti gli autori hanno compilato il modulo di divulgazione dell’autore. Informazioni integrative e / o potenziali conflitti di interesse:

Occupazione o leadership

R. W. K. Chiu, Chimica clinica, AACC; Y. M. D. Lo, Chimica clinica, AACC, DRA Limited, Take2 Holdings.

Consulente o ruolo consultivo

RWK Chiu, Graal; YMD Lo, Graal, Decheng Capital; P. Mischel, Boundless Bio, Inc.

Azionariato

R. W. K. Chiu, Graal, DRA Limited, Take2 Holdings; Y. M. D. Lo, Grail, DRA Limited, Take2 Holdings; P. Mischel, Boundless Bio, Inc.

Onoraria

Nessuno dichiarato.

Finanziamento della ricerca

R. W. K. Chiu, Graal; A. Dutta, National Institutes of Health; Y. M. D. Lo, Graal, Hong Kong Research Grants Council Theme-Based Research Scheme T12-403/15N e T12-401/16W.

Expert Testimony

Nessuno dichiarato.

Brevetti

R. W. K. Chiu, PCT/CN2020 / 081066; A. Dutta, U. S. A. PPA 62832443; Y. M. D. Lo, brevetti multipli e domande di brevetto nelle applicazioni diagnostiche di DNA senza cellule; P. Mischel, SD-2019-149-1, SD-2019-149-2, SD-2019-149-3.

Altra remunerazione

A. Dutta, Gordon Research Conference, Cold Spring Harbor Lab, BIH Academy, Shenzhen Medical School.

Non standard abbreviazioni

• eccDNA

  extrachromosomal di DNA circolare

• ecDNA

  extrachromosomal DNA

• mtDNA

  DNA mitocondriale