Cn3D è uno strumento di visualizzazione per strutture biomolecolari, sequenze e allineamenti di sequenze. Ciò che distingue Cn3D dagli altri software è la sua capacità di correlare le informazioni sulla struttura e sulla sequenza: ad esempio, uno scienziato può trovare rapidamente i residui in una struttura cristallina che corrispondono a mutazioni di malattia note o residui di siti attivi conservati da una famiglia di omologhi di sequenza. Cn3D visualizza gli allineamenti struttura-struttura insieme ai loro allineamenti di sequenza basati sulla struttura, per sottolineare quali regioni di un gruppo di proteine correlate sono più conservate in struttura e sequenza. Sono incluse anche funzioni di etichettatura personalizzate, grafica OpenGL di alta qualità e una varietà di esportazioni di file che insieme rendono Cn3D un potente strumento per l’annotazione della letteratura. Cn3D è in genere eseguito da un browser WWW come applicazione di supporto per il sistema Entrez di NCBI, ma può anche essere utilizzato come applicazione standalone.
Con la versione 4, Cn3D è ora anche un editor di allineamento multiplo completo e include algoritmi per allineare le sequenze ad altre sequenze e alle strutture. Ora è possibile creare e persino annotare più allineamenti. Cn3D viene utilizzato come strumento di curation allineamento primario per il progetto CDD.