Nel 1949, Kluckhohn iniziò a lavorare tra cinque comunità adiacenti nel sud-ovest: Zuni, Navajo, Mormon (LDS), Spanish-American (messicano-americano) e Texas Homesteaders Un approccio metodologico chiave che sviluppò insieme a sua moglie Florence Rockwood Kluckhohn e colleghi Evon Z. Vogt e Ethel M. Albert, tra gli altri, era la Teoria dell’Orientamento dei valori. Credevano che la comprensione e la comunicazione interculturali potessero essere facilitate analizzando l’orientamento di una data cultura su cinque aspetti chiave della vita umana: Natura umana (persone viste come intrinsecamente buone, malvagie o miste); Relazione uomo-Natura (la visione che gli esseri umani dovrebbero essere subordinati alla natura, dominanti sulla natura o vivere in armonia con la natura); Tempo (valore primario posto sul passato/tradizione, presente/godimento o futuro/posterità/gratificazione ritardata); Attività (essere, divenire/sviluppo interiore, o fare/sforzarsi/operosità); e Relazioni sociali (gerarchiche, collaterali/collettivi-egualitarie o individualistiche). Il metodo di orientamento ai valori è stato sviluppato più lontano da Florence Kluckhohn e dai suoi colleghi e studenti negli anni successivi.
Kluckhohn ha ricevuto molti onori durante la sua carriera. Nel 1947 fu presidente dell’American Anthropological Association e divenne primo direttore del Russian Research Center di Harvard. Nello stesso anno il suo libro Mirror for Man ha vinto il McGraw Hill award per la migliore scrittura popolare sulla scienza.
Kluckhohn inizialmente credeva nell’uguaglianza biologica delle razze, ma in seguito invertì la sua posizione. Kluckhohn scrisse nel 1959 che “alla luce dell’accumulo di informazioni sull’incidenza significativamente variabile di geni mappati tra diversi popoli, non sembra saggio assumere categoricamente che ‘la capacità innata dell’uomo non varia da una popolazione all’altra’…. Sulla base del fatto che le capacità specifiche sono influenzate dalle proprietà di ciascun pool genetico, sembra molto probabile che le popolazioni differiscano quantitativamente nelle loro potenzialità per particolari tipi di risultati.”
Clyde Kluckhohn morì di infarto in una baita sul fiume Upper Pecos vicino a Santa Fe, nel Nuovo Messico. È sopravvissuto da sua moglie, Dr. Florence Rockwood Kluckhohn, che ha anche insegnato antropologia presso il Dipartimento di Relazioni sociali di Harvard. Clyde Kluckhohn è stato anche sopravvissuto da suo figlio, Richard Kluckhohn. La maggior parte dei suoi documenti sono conservati presso l’Università di Harvard, ma alcuni manoscritti sono conservati presso l’Università dell’Iowa.