Non è chiaro per quanto tempo visse Cleopatra V, e con quale menzione di Cleopatra Trifena nella documentazione storica dovrebbe essere identificata, poiché la numerazione utilizzata per distinguere i Tolomei è un’invenzione moderna. Cleopatra Trifena V scomparve intorno al tempo in cui nacque Cleopatra VII (69 a. C.): il suo nome comincia a scomparire dai monumenti e dai papiri, e c’è un papiro di Tolomeo XII del 69 a. C. che non la menziona ma ci si aspetterebbe di farlo se fosse ancora viva.
C’è qualche indicazione che Cleopatra potrebbe essere morta nel 69 AC — potrebbe essere morta di parto o forse è stata uccisa. Se davvero fosse morta così presto, allora la Cleopatra Trifena che è menzionata-dopo l’espulsione di Tolomeo XII — come co-governante dell’Egitto (insieme a Berenice IV) nel 58 e 57 AC, e morì intorno al 57 AC, deve essere sua figlia, numerata da alcuni storici come Cleopatra VI Trifena. Questo è supportato anche dal porfido.
D’altra parte, c’è una dedica sul Tempio di Edfu del 5 dicembre 57 a.C. che inscrive il nome di Cleopatra Trifena accanto a quello di Tolomeo XII (che tuttavia non era presente in Egitto in quel momento), che avrebbe significato la moglie del re piuttosto che la figlia e sarebbe improbabile se la moglie di Tolomeo XII fosse davvero morta Così alcuni, anche se non tutti, storici moderni considerano Cleopatra V per essere identico con la presunta Cleopatra VI Trifena, e hanno la sua vita a c. 57 AC. Questo sarebbe comport con l’account da Strabone, che i rapporti di Tolomeo XII di aver avuto solo tre figlie; questi possa essere identificato come Berenice IV, Cleopatra VII, e Arsinoe IV come le figlie del re, in modo che non avrebbe lasciato spazio per un Cleopatra VI. Werner Huss, si presuppone, che litigi scoppiati tra Cleopatra V e Tolomeo XII, 69 A.C. e che in conseguenza di tali controversie Cleopatra V cadde in disgrazia e fu costretto a dimettersi.
Cleopatra V era probabilmente la madre di Cleopatra VII. Michael Grant giunge alla conclusione che” nel complesso “sembra molto probabile che Cleopatra V fosse la madre di Cleopatra VII, notando che se Cleopatra VII fosse stata illegittima, i suoi” numerosi nemici romani avrebbero rivelato questo al mondo.”Continua dovremmo escludere l’ipotesi di Cleopatra VII è stato concepito da Tolomeo XII seconda moglie, mentre Cleopatra V era sulla scena, e che se questa sconosciuta seconda moglie sarebbe stata Cleopatra VII, madre e successivamente “regina legittimato”, Cleopatra VII sarebbe stato ancora considerato un bastardo e “la sua Romana nemici non avrebbe mancato il suggerimento.”Duane W. Roller ipotizza che Cleopatra avrebbe potuto essere la figlia di una donna teorica metà macedone-greca, metà egiziana appartenente ad una famiglia di sacerdoti dedicati a Ptah ed era “solo tecnicamente illegittima” (tuttavia, egli sostiene che qualunque sia la discendenza di Cleopatra, ha valutato il suo patrimonio greco tolemaico più), ma osserva che se questa donna sconosciuta non era la madre di Cleopatra, allora Cleopatra V sarebbe sua madre. Parte del suo argomento si basa sulla menzione di Strabone di Tolomeo XII di avere solo tre figlie, Berenice essendo l’unica legittima. Ma come Grant osserva che, di tutti gli attacchi a Cleopatra VII, il suo essere illegittimo non è tra questi, e che è menzionato solo in una dichiarazione casuale di Strabone.
la Maggior parte degli studiosi concordano sul fatto che Berenice IV, era figlia di Cleopatra V. Un’altra moglie di Tolomeo XII, potrebbe essere stata la madre dei fratellini di Cleopatra VII, che è Arsinoe IV, Tolomeo XIII e Tolomeo XIV. Tuttavia, Christopher Bennett pensa che Cleopatra V, fu la madre di tutti i figli di Tolomeo XII.