Ellis ha lavorato presso i Bell Labs dal 1969 al 1972 sulla teoria della probabilità applicata alla teoria del calcolo. Nel 1972 è diventato assistente professore e membro fondatore del dipartimento di informatica presso l’Università del Colorado Boulder per lavorare sulla ricerca sui sistemi operativi.
Ellis accettò una posizione tre anni dopo come assistente professore in EECS al MIT per lavorare sulla ricerca relativa ad ARPANET. Ha lasciato il MIT dopo un anno per iniziare a lavorare presso Xerox PARC e Stanford University. Ellis rimase allo Xerox PARC e alla Stanford University per quasi un decennio. Durante il suo tempo lì, ha lavorato sulla GUI icon-based, linguaggi di programmazione orientati agli oggetti, e sistemi groupware. “Faceva parte del team di sociologi, psicologi e informatici che hanno lavorato su Alto, il primo personal computer al mondo (PC) e le relative interfacce e software. Molte di queste innovazioni del 1970 di cui Ellis faceva parte furono in seguito ampiamente commercializzate, ad esempio nel computer Lisa di Apple e nel software MS-DOS di Microsoft. Al PARC, Ellis a capo del gruppo di ricerca Ufficio, che ha sviluppato il primo sistema di office per utilizzare le icone e Ethernet per collaborare a distanza.”
A metà degli anni 1980, Ellis ha guidato il Groupware Research Group presso la Microelectronics and Computer Technology Corporation (MCC). Mentre era al MCC, ha guidato gli sforzi nel montaggio collaborativo in tempo reale e ha aperto la strada al campo della trasformazione operativa. Nei primi anni 1990, Ellis ha lasciato MCC per diventare il capo architetto del flusso di lavoro FlowPath prodotto di Bull S.A. in Francia.
Nel 1992, Ellis tornò all’Università del Colorado Boulder come professore ordinario con un incarico nel dipartimento di informatica. Lì ha continuato il suo lavoro su groupware, in particolare sistemi di flusso di lavoro su larga scala di nuova generazione e sistemi di supporto alle riunioni mediati da agenti. Nel 2009, è diventato professore emerito presso l’Università, dove ha insistito per insegnare periodicamente un corso introduttivo di calcolo per “incoraggiare gli studenti di tutte le etnie ad espandere i loro orizzonti.”Per fornire ulteriori opportunità agli studenti di perseguire la scienza e l’ingegneria, Ellis” ha contribuito a stabilire il programma estivo multiculturale di 10 settimane per l’accesso alla formazione alla ricerca (SMART) presso l’università.”
Nel 2013, Ellis ha vinto una borsa di studio Fulbright per insegnare ed eseguire ricerche nel dipartimento di informatica dell’Università Ashesi. Ad Ashesi, i suoi interessi di ricerca erano lo sviluppo di sistemi informatici per simulare forme alternative di governo per i paesi in via di sviluppo.