La responsabilità principale per le questioni ambientali è attribuita al dipartimento programmi ambientali del Ministero della Salute e dell’Ufficio Nazionale di pianificazione, nonché all’ufficio di consulenza ecologica del Ministero del Benessere nazionale e al dipartimento dell’ambiente del Ministero degli Affari Esteri.
I principali problemi ambientali del Cile sono la deforestazione e la conseguente erosione del suolo, e l’inquinamento dell’aria, dell’acqua e della terra. L’inquinamento atmosferico da industria e trasporti e l’inquinamento idrico sono particolarmente acuti nei centri urbani, dove la popolazione è raddoppiata negli ultimi 30 anni. Nel 1996, le emissioni industriali di anidride carbonica del Cile ammontavano a 48,7 milioni di tonnellate. Le acque reflue non trattate rappresentano la principale minaccia per la qualità dell’acqua della nazione. A partire dal 2001, il Cile aveva 928 cu km di risorse idriche rinnovabili. Mentre il 99% dei suoi abitanti urbani ha acqua potabile pura, solo il 58% dei suoi abitanti rurali ha lo stesso accesso.
Le specie in via di estinzione in Cile includono il huemul andino meridionale, il falco pellegrino della tundra, il re di puna, la stella di legno cilena, l’oca dalla testa rossa e la tartaruga marina verde. A partire dal 2001, 16 specie di mammiferi in un totale di 91 erano considerate in pericolo. Delle 296 specie di uccelli riproduttori, 18 erano minacciate di estinzione. Sono stati minacciati anche quattro tipi di pesci d’acqua dolce e 268 specie vegetali.