Abstract
I principali progressi nell’editing del genoma sono stati recentemente resi possibili con lo sviluppo dei metodi TALEN e CRISPR/Cas9. La velocità e la facilità di implementazione di queste tecnologie ha portato a un’esplosione di organismi mutanti e transgenici. Un passo limitante nell’applicazione efficiente dei metodi TALEN e CRISPR/Cas9 è la selezione e la progettazione di costrutti di targeting. Abbiamo sviluppato uno strumento online, CHOPCHOP (https://chopchop.rc.fas.harvard.edu), per accelerare il processo di progettazione. CHOPCHOP accetta una vasta gamma di input (identificatori genici, regioni genomiche o sequenze incollate) e fornisce una serie di opzioni avanzate per la selezione del target. Utilizza algoritmi di allineamento delle sequenze efficienti per ridurre al minimo i tempi di ricerca e prevede rigorosamente l’associazione off-target di RNA a guida singola (sgRNAs) e TALENs. Ogni query produce una visualizzazione interattiva del gene con siti di destinazione candidati visualizzati nelle loro posizioni genomiche e codificati a colori in base ai punteggi di qualità. Inoltre, per ogni possibile sito di destinazione, vengono visualizzati siti di restrizione e candidati di primer, facilitando una pipeline semplificata di generazione e convalida dei mutanti. La facilità d’uso e la velocità di CHOPCHOP lo rendono uno strumento prezioso per l’ingegneria del genoma.