La guerre Cherokee de 1839 a été le point culminant des frictions entre les Indiens Cherokee, Kickapoo et Shawnee et les colons blancs du nord-est du Texas. Les Indiens, qui avaient obtenu des autorités espagnoles les droits des squatteurs sur la terre, se sont vu promettre le titre de propriété de la terre par la Consultation; et le 23 février 1836, un traité conclu par Sam Houston et John Forbes, qui représentaient le gouvernement provisoire, donnait le titre de propriété des terres situées entre les rivières Angelina et Sabine et au nord-ouest de l’ancienne route de San Antonio aux Cherokees et à leurs bandes associées. Le traité a été déposé par le Sénat du Texas le 29 décembre 1836 et a été déclaré nul et non avenu par cet organe le 16 décembre 1837, malgré l’insistance de Houston pour qu’il soit ratifié. La rébellion de Córdova en août 1838 poussa Thomas Jefferson Rusk à marcher sur les Cherokees dans le but d’intercepter Vicente Córdova; mais Córdova n’a pas cherché refuge parmi les Cherokees et Rusk est retourné dans les colonies. Le 16 octobre 1838, Rusk, avec 230 soldats, poursuit une bande de Kickapoos, détruit leur village et tue onze guerriers, dont un renégat Cherokee. Il y eut des raids sporadiques des Indiens à l’automne de 1838 et au printemps de 1839.
Après la découverte, en mai 1839, d’une lettre en possession de Manuel Flores exposant les plans du gouvernement mexicain pour enrôler les Indiens contre les colons du Texas, le président Mirabeau B. Lamar, soutenu par l’opinion populaire, décida d’expulser les Indiens de l’Est du Texas. En juillet 1839, Kelsey H. Douglass est placé au commandement d’environ 500 soldats sous les ordres d’Edward Burleson, Willis H. Landrum et Rusk, et reçoit l’ordre de renvoyer les Indiens sur le territoire de l’Arkansas. L’armée campa sur Council Creek, à six milles au sud du principal village cherokee de Chief Bowl et envoya une commission le 12 juillet pour négocier le renvoi des Indiens. Les Indiens acceptèrent de signer un traité d’enlèvement qui leur garantissait le profit de leurs récoltes et le coût de l’enlèvement. Au cours des deux jours suivants, ils insistent sur leur volonté de partir, mais refusent de signer le traité en raison d’une clause qui leur donnerait une escorte armée hors de la république. Le 15 juillet, les commissaires informèrent les Indiens que les Texans marcheraient immédiatement sur leur village et que ceux qui accepteraient le traité devraient arborer un drapeau blanc. Landrum est envoyé à travers les Neches pour couper d’éventuels renforts, et le reste de l’armée marche sur le village. La bataille des Neches a eu lieu à quelques kilomètres à l’ouest de Tyler, dans l’actuel comté de Henderson. Au coucher du soleil, trois Texans avaient été tués et cinq blessés ; les Indiens en avaient perdu dix-huit. Les Indiens ont fui et Douglass a campé. La poursuite a commencé le matin du 16 juillet. Un groupe de scouts sous les ordres de James Carter engagea les Cherokees près de la source de la rivière Neches sur un site maintenant dans le comté de Van Zandt. Les Indiens cherchèrent refuge dans une hutte et les champs de maïs environnants, mais furent forcés de les abandonner après que Carter eut été renforcé par l’arrivée de Rusk et de Burleson. Après trente minutes de combat, les Indiens ont été forcés au fond de Neches, où Chief Bowl a été tué et un certain nombre de guerriers ont été perdus. Après les derniers combats près de Grand Saline, on estime que plus de 100 Indiens ont été tués ou blessés lors des engagements.
Le 21 juillet, les Texans marchèrent vers le cours supérieur de la rivière Sabine le long de la route empruntée par les Indiens en fuite. De nombreuses huttes et champs ont été détruits cet après-midi-là, et plusieurs villages et plus de 200 acres de maïs ont été brûlés le matin du 22 juillet. La destruction s’est poursuivie lors de la poursuite des Indiens, qui n’a été abandonnée que le 24 juillet. La plupart des Indiens ont fui vers les terres Cherokees en dehors de la république. Pendant l’hiver, un petit groupe sous les ordres du chef Egg et de John Bowles, fils du chef Bowl, tenta d’atteindre le Mexique en contournant la frange des colonies blanches. Burleson, en campagne contre les Indiens des Plaines, intercepte les Cherokees et les attaque près de l’embouchure de la rivière San Saba le 25 décembre 1839. Egg et Bowles et plusieurs guerriers ont été tués, et vingt-sept femmes et enfants ont été capturés. Ce fut la dernière action importante contre les Cherokees au Texas.