Mahoney appartenait à la Province irlandaise de l’Ordre des Frères Mineurs et passa une partie de l’année 1676 au Collège Saint-Isidore de Rome, siège de la province en exil. Tentant de revenir en Irlande du continent où il avait été ordonné prêtre catholique, il fit naufrage et débarqua au Pays de Galles. Il fut arrêté en 1678 et emprisonné à Denbigh. Il est jugé l’année suivante à Ruthin, dans le nord du pays de Galles, où il est condamné et pendu.
Les preuves documentaires sont rares. Le British Museum possède une copie d’une feuille unique intitulée Les Derniers discours de Trois prêtres exécutés pour la Religion, Anno Domini 1679, à partir de laquelle la transcription suivante est faite:-
Un compte rendu des paroles prononcées par M. Charles Mahoney, un prêtre irlandais du saint Ordre de Saint-François, qui a été exécuté dans son Habit à Ruthin dans le Nord du Pays de Galles, le 12 août 1679. Maintenant, Dieu Tout-Puissant est heureux que je souffre le Martyre, son Saint Nom soit loué, puisque je teignais pour ma Religion. Mais vous n’avez pas le Droit de me mettre à mort dans ce Pays, bien que je me sois confessé comme Prêtre, car vous m’avez saisi alors que j’allais dans mon Pays Natal, l’Irlande, en étant conduit en Mer sur cette Côte, car je n’ai jamais utilisé ma Fonction en Angleterre avant d’être emmené, mais Dieu vous pardonne, comme je le fais et prierai toujours pour vous, en particulier pour ceux qui m’ont été si bons dans ma détresse, je prie que Dieu bénisse notre Roi, et le défende de ses Ennemis, et le convertit à la Sainte Foi catholique, Amen. Son âge était inférieur à Quarante ans, Il a été essayé et condamné à Denby En se confessant être prêtre.