processen med at anvende klarhed billeddannelse begynder med en postmortem vævsprøve. Dernæst skal der anvendes en række kemiske behandlinger for at opnå gennemsigtighed, hvor lipidindholdet i prøven fjernes, mens næsten alle de originale proteiner og nukleinsyrer efterlades på plads. Formålet med dette er at gøre vævet gennemsigtigt og således tilgængeligt for detaljeret mikroskopisk undersøgelse af dets bestanddele funktionelle dele (som overvejende er proteiner og nukleinsyrer). For at opnå dette skal den allerede eksisterende proteinstruktur placeres i et gennemsigtigt stillads, der bevarer det, mens lipidkomponenterne fjernes. Denne ‘stillads’ består af hydrogelmonomerer såsom acrylamid. Tilsætningen af molekyler som formaldehyd, paraformaldehyd eller glutaraldehyd kan lette fastgørelsen af stilladset til de proteiner og nukleinsyrer, der skal bevares, og tilsætningen af varme er nødvendig for at fastslå de faktiske forbindelser mellem de cellulære komponenter og acrylamidet.
når dette trin er afsluttet, holdes protein-og nukleinsyrekomponenterne i målvævets celler fast på plads, mens lipidkomponenterne forbliver løsnet. Lipider fjernes derefter over 1-2 ugers passiv diffusion i vaskemiddel eller accelereres ved elektroforetiske metoder til kun timer til dage. Når de passerer igennem, gør vaskemiddelets lipofile egenskaber det muligt at opsamle og punktafgifte eventuelle lipider, der opstår undervejs. Lipofile farvestoffer som DiI fjernes, men der er KLARHEDSKOMPATIBLE lipofile farvestoffer, der kan fikseres til nærliggende proteiner. Det store flertal af ikke-lipidmolekyler, såsom proteiner og DNA, forbliver upåvirket af denne procedure takket være de involverede molekylers acrylamidgel og kemiske egenskaber.
som rapporteret i det oprindelige papir udvides vævet under denne proces, men kan efter behov gendannes til dets oprindelige dimensioner med et sidste trin af inkubation i brydningsindeks matchende opløsning.
på dette trin i processen er prøven fuldt forberedt til billeddannelse. Kontrasten til billeddannelse kan komme fra endogene fluorescerende molekyler, fra nukleinsyre (DNA eller RNA) etiketter eller fra immunfarvning, hvorved antistoffer, der binder specifikt til et bestemt målstof, anvendes. Derudover er disse antistoffer mærket med fluorescerende tags, der er nøglen til det endelige billeddannelsesresultat. Standard konfokal -, to-foton-eller lysarkbilleddannelsesmetoder er alle egnede til derefter at detektere fluorescensen, der udsendes ned til omfanget af proteinlokalisering, hvilket resulterer i de endelige meget detaljerede og tredimensionelle billeder, som klarhed producerer.
efter at en prøve er blevet immuniseret for et billede, er det muligt at fjerne antistofferne og anvende nye igen, hvilket gør det muligt at fotografere en prøve flere gange og målrette mod flere proteintyper.