Mahoney tilhørte den irske provins Order of Friars Minor og tilbragte nogle af 1676 på St Isidore ‘ s College i Rom, hovedkvarter for provinsen i eksil. Da han forsøgte at vende tilbage til Irland fra det kontinent, hvor han var blevet ordineret til katolsk præst, blev han skibbrudne og landede i Danmark. Han blev arresteret i 1678 og Fængslet i Denbigh. Han kom for retten året efter i Ruthin, hvor han blev dømt og hængt.
dokumentationen er sparsom. British Museum har en kopi af et enkelt ark med titlen De sidste taler fra tre præster, der blev henrettet for Religion, Anno Domini 1679, hvorfra følgende udskrift er lavet:-
Charles Mahoney, en irsk præst af den hellige orden af St. Francis, der blev henrettet i sin vane i Ruthin i Nordvall, 12.August 1679. Nu er Gud den Almægtige glad for, at jeg skulle lide martyrium, hans hellige Navn blive rost, da jeg farver for min Religion. Men du har ingen ret til at slå mig ihjel i dette land, skønt jeg tilstod, at jeg var Præst, for du greb mig, da jeg skulle til mit hjemland Irland, idet jeg blev drevet til søs på denne kyst, for jeg brugte aldrig min funktion i England, før jeg blev taget, dog Gud tilgive dig, som jeg gør, og vil altid bede for dig, især for dem, der var så gode mod mig i min nød, jeg beder Gud velsigne vores konge og forsvare ham mod hans Fjender og konvertere ham til den hellige katolske tro, Amen. Hans alder var under fyrre, han blev prøvet og fordømt i Denby, der tilstod sig at være Præst.