do konce devatenáctého století byl amoniak identifikován jako hlavní faktor zodpovědný za syndrom jaterní encefalopatie. Amoniak je jedním z hlavních produktů jaterního metabolismu a vysoké koncentrace jsou pro tělo toxické. Za fyziologických podmínek je hlavním způsobem, jakým tělo omezuje koncentraci amoniaku v krvi na netoxickou úroveň, přeměna na močovinu v játrech prostřednictvím Krebsova cyklu. Syntéza glutaminu představuje alternativní cestu pro detoxikaci amoniaku u pacientů s cirhózou. Ačkoli vysoké koncentrace amoniaku byly silně spojeny s edémem mozku, odhady síly korelace mezi hladinami amoniaku v séru a závažností jaterní encefalopatie se liší. Přesnost testů amoniaku závisí na místě odběru vzorků, ošetření vzorku a použité analytické metodě. Byly popsány nové metody zahrnující měření parciálního tlaku amoniaku a nové neinvazivní techniky zahrnující kvantifikaci amoniaku v dechu. Účelem tohoto přehledu je identifikovat faktory, které ovlivňují hladiny amoniaku v séru, od jeho původu a metabolismu až po jeho analýzu a interpretaci výsledků v laboratoři. Závěrem lze říci, že rozdíly v odhadech hladiny amoniaku v séru a závažnosti jaterní encefalopatie vznikají z důvodu individuálních rozdílů v metabolismu amoniaku a rozdílů v přesnosti analytických metod.