François Clouet se narodil v Tours jako syn dvorního malíře Jeana Cloueta. Jean Clouet byl rodák z jižního Nizozemska a pravděpodobně z Bruselské oblasti. François Clouet studoval u svého otce. Zdědil otcovu přezdívku „Janet“ a v některých raných pramenech a starší literatuře je jako takový označován.
nejstarší zmínka o Françoisi Clouetovi je dokument z prosince 1541, ve kterém se král vzdává ve prospěch panství Françoise svého otce, který se vyhnul koruně jako majetek cizince. V tomto dokumentu se říká, že mladší Clouet velmi pozorně sledoval svého otce ve svém umění. Stejně jako jeho otec zastával úřad ženicha komnaty a malíře v ordinaci krále, a pokud jde o plat, začal tam, kde jeho otec skončil. Tomuto umělci je připisováno mnoho kreseb, často bez dokonalé jistoty. Tady je, nicméně, více jít na, než je tomu v případě jeho otce.
jak chvály Françoise Cloueta zpívali spisovatelé dne, jeho jméno bylo pečlivě zachováno od panování k panování a při připisování mnoha jeho obrazů existuje starodávná a nepřerušená tradice. Neexistují, nicméně, žádné původní osvědčení o jeho dílech, ani nejsou známy žádné dokumenty, které by zaručovaly obvykle přijímané recepty. K němu jsou připisovány portréty Františka I. v Uffizi a v Louvru a různé kresby, které se k nim vztahují.
pravděpodobně také maloval portrét Catherine de ‚ Medici ve Versailles a další díla a s největší pravděpodobností bylo z jeho ruky připisováno velké množství kreseb.
jedním z jeho nejpozoruhodnějších portrétů je portrét Marie, královny Skotů, kresba křídami v Bibliothèque Nationale a podobného charakteru jsou dva portréty Karla IX. a jeden v Chantilly z Marguerite Francie. Snad jeho mistrovským dílem je portrét Alžběty Rakouské v Louvru.Tento kus udělal důležitý dojem na Clauda Lévi-Strausse. Zejména to pomohlo inspirovat jeho teorii modèle réduit nebo uměleckých děl jako „miniaturních modelů“ a dalších teorií uměleckých děl ve své knize The Savage Mind.
Clouet pobýval v Paříži v rue de Ste Avoye v chrámové čtvrti, poblíž hotelu de Guise, a v roce 1568 je známo, že byl pod patronací Claude Gouffier de Boisy, Seigneur d ‚ Oiron a jeho manželky Claude de Baune. Dalším zjištěným faktem týkajícím se Françoise Cloueta je to, že v roce 1571 byl povolán do kanceláře Soudu mincovny a jeho názor byl vzat na podobu krále portrétu zasaženého mincovnou. Připravil masku smrti Jindřicha II., protože v roce 1547 vzal podobnou masku obličeje a rukou Františka I., aby podobizna, která má být použita na pohřbu, mohla být připravena z jeho kreseb; a při každé z těchto příležitostí provedl obraz, který má být použit ve výzdobě kostela a transparentech pro velký obřad.
za jeho dílo se považuje několik miniatur, jedním velmi pozoruhodným portrétem je poloviční postava Jindřicha II. ve sbírce J. Pierponta Morgana. Dalším z jeho portrétů je portrét Françoise, duc d ‚ Alençona v Jonesově sbírce v Albertově muzeu Victoria &. Catherine de Medici popsala úsilí Maistre Jameta (použil jméno svého otce) na alençonově portrétu velvyslankyni v Londýně Mothe Fénélon.Některé reprezentace členů královské rodiny, které byly ve Sbírce Hamilton Palace a prodej Magniac, jsou mu obvykle připisovány.
zemřel 22. prosince 1572, krátce po masakru sv. Bartoloměje, a jeho závěť, zmiňující jeho sestru a jeho dvě nemanželské dcery a zabývající se dispozicí značného množství majetku, stále existuje. Jeho dcery se následně staly jeptiškami.