Mahoney patřil k Irské provincii Řádu menších bratrů a část roku 1676 strávil na vysoké škole sv. Isidora v Římě, ústředí provincie v exilu. Pokus o návrat do Irska z kontinentu, kde byl vysvěcen na katolického kněze, byl ztroskotán a přistál ve Walesu. V roce 1678 byl zatčen a uvězněn v Denbighu. Následující rok šel před soud v Ruthinu v severním Walesu, kde byl odsouzen a oběšen.
listinné důkazy jsou nedostatečné. Britské muzeum má kopii jediného listu s názvem Poslední projevy tří kněží, kteří byli popraveni za náboženství, Anno Domini 1679, ze kterého je vytvořen následující přepis:-
popis slov, která pronesl Pan Charles Mahoney, Irský kněz svatého řádu svatého Františka, který byl ve svém zvyku popraven v Ruthinu v severním Walesu 12. srpna 1679. Nyní je Bůh Všemohoucí potěšen, že bych měl trpět Mučednictvím, jeho svaté jméno bude chváleno, protože barvím pro své náboženství. Ale nemáte právo mě v této zemi usmrtit, i když jsem se přiznal, že jsem kněz, protože jste mě chytili, když jsem šel do své rodné země Irska a byl poháněn po moři na tomto pobřeží, protože jsem nikdy nepoužíval svou funkci v Anglii, než jsem byl vzat, Bůh vám však odpusť, stejně jako já a vždy se za vás budu modlit, zvláště za ty, kteří ke mně byli tak dobří v mé nouzi, modlím se, aby Bůh žehnal našemu králi a bránil ho před jeho nepřáteli a přeměnil ho na Svatou katolickou víru, Amen. Jeho věk byl pod čtyřicet, byl zkoušen a odsouzen v Denby, když se přiznal, že je knězem.