demonstrationen att långvarig administrering av relativt låga doser klonidin minskade blodkärlens respons på vasodilatator-och vasokonstriktorläkemedel hos djur ledde till dess undersökning för att förebygga migrän hos människor. Resultat av placebokontrollerade och öppna terapeutiska studier har visat att klonidin i låga doser (75 till 150 mugg dagligen) är användbart för att förebygga migränhuvudvärk hos cirka 30% -50% av patienterna. En 50% eller större minskning av huvudvärksfrekvens eller huvudvärkindex har rapporterats hos 40% av patienterna i kontrollerade och öppna studier. Således kan klonidin, liksom andra läkemedel som används vid intervallbehandling av migrän, förväntas vara effektiv hos endast en andel patienter. Även om klonidin inte har jämförts direkt med andra läkemedel som används vid profylaktisk behandling av migrän, är det allmänna kliniska intrycket att det är mindre effektivt än pizotifen eller metysergid. Eftersom det tolereras relativt väl vid doser på 75 till 150 mugg dagligen är det värt en försök, särskilt hos patienter som anses behöva profylaktisk migränbehandling för första gången, och när migrän uppstår i samband med högt blodtryck. Vid de doser som används vid migränprofylax, som nästan alltid är lägre än vad som används vid högt blodtryck, orsakar klonidin inte hypotoni och kan användas till patienter med hjärt-kärlsjukdom. De huvudsakliga biverkningarna är dåsighet och muntorrhet som tenderar att minska när behandlingen fortsätter.