B-och T-lymfocyter testas för deras affinitet för själv MHC/peptidkomplex innan de lämnar de primära lymfoida organen och går in i periferin. Om de visar hög affinitet för självantigen, är en metod för att förhindra autoimmunitet genom klonal deletion. Det är här lymfocyten skulle få apoptotiska signaler från antigenpresenterande cell (APC). Det är viktigt att notera att inte alla lymfocyter som uttrycker hög affinitet för självantigen genomgår klonal deletion. B-lymfocyter kan också delta i redigering av lättkedjereceptorer, VH-genersättning eller släppas och senare genomgå negativt urval i periferin. T-lymfocyter kan istället genomgå klonal arrestering, klonal anergi och klonal redigering. Om autoreaktiva celler undviker klonal deletion i antingen tymus eller benmärg, finns det mekanismer i periferin som involverar T-regulatoriska celler för att förhindra att värden erhåller en autoimmun sjukdom. Men för både B-och T-celler i de primära lymfoida organen är klonal deletion den vanligaste formen av negativt urval.
B CellsEdit
B-celler som visar hög affinitet för självceller kan genomgå klonal deletion i benmärgen. Detta inträffar efter att den funktionella B-cellreceptorn (BCR) har monterats. Det är möjligt för B-celler med hög självaffinitet att bli återställda eftersom de kräver aktiveringssignaler och stimulering från autoreaktiva T-celler. Sådana T-celler avlägsnas ofta via klonal deletion och lämnar autoreaktiva B-celler ostimulerade och oaktiverade. Dessa B-celler utgör inte ett hot, inte ens i periferin, eftersom de inte kan aktiveras utan en autoreaktiv T-cell för att stimulera dem.
t-CellsEdit
mellan 2% och 5% av T-cellerna utvecklar auto-reaktiva receptorer. De flesta av dessa genomgår negativt urval genom klonal borttagning.
Thymic CortexEdit
T-celler som visar en hög affinitet för själv MHC/peptidkomplex kan genomgå klonal deletion i tymus. Tymiska dendritiska celler och makrofager verkar vara ansvariga för de apoptotiska signalerna som skickas till autoreaktiva T-celler i den tymiska cortexen.
Thymic MedullaEdit
T-celler har också möjlighet att genomgå klonal deletion i thymic medulla om de uttrycker hög affinitet för själv MHC/peptidkomplex. Positivt urval sker i den tymiska cortexen, vilket antyder att det är möjligt för en cell att genomgå positivt urval i cortex och sedan negativt urval i medulla via klonal deletion. Epitelceller är ansvariga för klonal deletion i medulla. Dessa medullära epitelceller uttrycker en autoimmun regulator (AIRE) som tillåter dessa celler att presentera proteiner specifika för andra delar av kroppen till T-lymfocyter. Detta hjälper till att eliminera autoreaktiva T-celler som känner igen ett protein från en specifik kroppsdel.