processen att tillämpa klarhet imaging börjar med en postmortem vävnadsprov. Därefter måste en serie kemiska behandlingar tillämpas för att uppnå transparens, där lipidinnehållet i provet avlägsnas, medan nästan alla de ursprungliga proteinerna och nukleinsyrorna lämnas på plats. Syftet med detta är att göra vävnaden transparent och därmed mottaglig för detaljerad mikroskopisk undersökning av dess beståndsdelar funktionella delar (som huvudsakligen är proteiner och nukleinsyror). För att uppnå detta måste den redan existerande proteinstrukturen placeras i en transparent byggnadsställning som bevarar den, medan lipidkomponenterna avlägsnas. Denna ’byggnadsställning’ består av hydrogelmonomerer såsom akrylamid. Tillsatsen av molekyler som formaldehyd, paraformaldehyd eller glutaraldehyd kan underlätta fastsättning av byggnadsställningen till proteinerna och nukleinsyrorna som ska bevaras, och tillsatsen av värme är nödvändig för att fastställa de faktiska kopplingarna mellan de cellulära komponenterna och akrylamiden.
när detta steg är klart hålls protein-och nukleinsyrakomponenterna i målvävnadens celler ordentligt på plats, medan lipidkomponenterna förblir fristående. Lipider avlägsnas sedan under 1-2 veckors passiv diffusion i tvättmedel eller accelereras med elektroforetiska metoder till endast timmar till dagar. När de passerar genom gör tvättmedlets lipofila egenskaper det möjligt att plocka upp och ta bort eventuella lipider som uppstår under vägen. Lipofila färgämnen som DiI avlägsnas, men det finns KLARHETSKOMPATIBLA lipofila färgämnen som kan fixeras till angränsande proteiner. Den stora majoriteten av icke-lipidmolekyler, såsom proteiner och DNA, förblir opåverkade av denna procedur tack vare akrylamidgelen och de kemiska egenskaperna hos de involverade molekylerna.
som rapporterats i det ursprungliga papperet expanderar vävnaden under denna process, men efter behov kan återställas till sina initiala dimensioner med ett sista inkubationssteg i brytningsindexmatchningslösning.
vid detta steg i processen har provet förberetts fullständigt för avbildning. Kontrasten för avbildning kan komma från endogena fluorescerande molekyler, från nukleinsyraetiketter (DNA eller RNA) eller från immunfärgning, varigenom antikroppar som binder specifikt till ett visst målämne används. Dessutom är dessa antikroppar märkta med fluorescerande taggar som är nyckeln till slutligt bildresultat. Standard konfokala, två-foton, eller ljus-ark avbildningsmetoder är alla lämpliga för att sedan detektera fluorescensen som avges ner till skalan av protein lokalisering, vilket resulterar i den slutliga mycket detaljerade och tredimensionella bilder som klarhet producerar.
efter att ett prov har varit immunostained för en bild, är det möjligt att ta bort antikropparna och återanvända nya, vilket möjliggör att ett prov avbildas flera gånger och riktar sig mot flera proteintyper.