excitatorisk synaptisk överföring kan förmedlas genom att ändra responsen hos AMPA-receptorer. En vanlig metod för att förändra responsen är att ändra antalet AMPA-receptorer i det postsynaptiska membranet genom endocytos. Olika stimuli, inklusive CNQX, har olika effekter på AMPA-receptorinternalisering. Känd för att vara en konkurrerande antagonist av AMPA/kainatreceptorn används CNQX i studier som undersöker huruvida AMPA-receptorendocytos är ligandberoende eller inte. I en kultur av hippocampala neuroner inhiberade CNQX delvis AMPA-receptorinternalisering som stimulerades av AMPA. Men när de hippocampala neuronerna behandlades med CNQX ensam, ägde AMPA-receptorinternalisering fortfarande rum i både soma och dendriter. APV (NMDA-receptorantagonist) eller nimodipin (spänningsgrindad kalciumkanalblockerare) kunde inte heller blockera denna internalisering, vilket tyder på att receptoraktivering inte är ett krav för AMPA-receptorendocytos. Typen av AMPA-receptorer endocytoserade som ett resultat av CNQX-stimulering kan också identifieras med CNQX. I HEK-celler taggade med GluR-subenheter stimulerar CNQX internaliseringen av GluR1-och GluR2-receptorer. Den intracellulära regionen bevarad i både GluR1 och GluR2 på GluR2 C-terminal svans identifierades och raderades. Deletion av detta segment resulterade i en minskning av konstitutiv endocytos av GluR2-receptorn i HEK-celler, vilket pekade på sekvensen som bestämde denna effekt.
CNQX är känt för att vara en selektiv konkurrensantagonist för både AMPA-receptorer, som har ett IC50-värde på 400 nM, och kainatreceptorer, som har ett IC50-värde på 4 kg. Det hämmar också icke-konkurrerande NMDA-receptorer. CNQX används således för att isolera GABAA-receptormedierade spontana hämmande postsynaptiska strömmar. Verkan av CNQX på frekvensen av spontana hämmande postsynaptiska strömmar är oberoende av deras verkan vid jonotropa glutamatreceptorer. Även om EC50-värdet av CNQX på frekvensen av spontana hämmande postsynaptiska strömmar liknar IC50-värdet på kainatreceptorer, är blockaden av kainatreceptorer inte ansvarig för CNQX: s åtgärder. NBQX är ett kinoxalinderivat som är känt för att vara effektivare än CNQX vid blockering av kainatreceptorer, men det var inte en stor ökning av frekvensen av spontana hämmande postsynaptiska strömmar. Dessutom replikerades inte CNQXS effekter av kynurenat (glutamatreceptorantagonist) eller NS-102 (selektiv kainatreceptorblockerare) eftersom det inte fanns någon ökning av frekvensen av spontana hämmande postsynaptiska strömmar. Vidare påverkade D-AP5 och 7-CIK inte frekvensen av spontana hämmande postsynaptiska strömmar, vilket bevisade att verkan av NMDA-receptorer inte tar hänsyn till effekterna av CNQX.