Cn3D är ett visualiseringsverktyg för biomolekylära strukturer, sekvenser och sekvensinriktningar. Vad som skiljer Cn3D från annan programvara är dess förmåga att korrelera struktur och sekvensinformation: till exempel kan en forskare snabbt hitta resterna i en kristallstruktur som motsvarar kända sjukdomsmutationer eller konserverade aktiva platsrester från en familj av sekvenshomologer. Cn3D visar struktur – strukturinriktningar tillsammans med deras strukturbaserade sekvensinriktningar, för att betona vilka regioner i en grupp relaterade proteiner som är mest konserverade i struktur och sekvens. Dessutom ingår anpassade märkningsfunktioner, högkvalitativ OpenGL-grafik och en mängd filexport som tillsammans gör Cn3D till ett kraftfullt verktyg för litteraturanteckning. Cn3D körs vanligtvis från en webbläsare som en hjälpapplikation för NCBIS Entrez-system, men det kan också användas som en fristående applikation.
med version 4 är Cn3D nu också en komplett multipeljusteringsredigerare och innehåller algoritmer för att anpassa sekvenser till andra sekvenser och strukturer. Du kan nu skapa och till och med kommentera flera justeringar. Cn3D används som det primära justeringsverktyget för CDD-projektet.