1949 började Kluckhohn arbeta bland fem angränsande samhällen i sydväst: Zuni, Navajo, Mormon (LDS), spansk-amerikansk (mexikansk-amerikansk) och Texas Homesteaders en viktig metodologisk metod som han utvecklade tillsammans med sin fru Florence Rockwood Kluckhohn och kollegor Evon Z. Vogt och Ethel M. Albert, bland andra, var Värderingsorienteringsteorin. De trodde att tvärkulturell förståelse och kommunikation kunde underlättas genom att analysera en given kulturs inriktning på fem viktiga aspekter av mänskligt liv: Mänsklig natur (människor som ses som inneboende goda, onda eller blandade); förhållandet mellan människa och natur (uppfattningen att människor ska vara underordnade naturen, dominerande över naturen eller leva i harmoni med naturen); tid (primärt värde placerat på förflutna/tradition, nutid/njutning eller framtid/eftertid/försenad tillfredsställelse); aktivitet (varelse, blir/inre utveckling eller gör/strävar/flitighet); och sociala relationer (hierarkisk, säkerhet/kollektiv-egalitär eller individualistisk). Värderingsorienteringsmetoden utvecklades längst av Florence Kluckhohn och hennes kollegor och studenter under senare år.
Kluckhohn fick många utmärkelser under hela sin karriär. År 1947 tjänstgjorde han som president för American Anthropological Association och blev första chef för det ryska forskningscentret vid Harvard. Samma år vann hans bok Mirror for Man McGraw Hill award för bästa populära skrivande om vetenskap.
Kluckhohn trodde ursprungligen på rasens biologiska jämlikhet men vände senare sin position. Kluckhohn skrev 1959 att ”i ljuset av att samla information om signifikant varierande förekomst av mappade gener bland olika folk, verkar det oklokt att anta att ”människans medfödda kapacitet inte varierar från en befolkning till en annan”…. På förutsättningen att specifika kapaciteter påverkas av egenskaperna hos varje genpool verkar det mycket troligt att populationer skiljer sig kvantitativt i deras potentialer för särskilda typer av prestationer.”
Clyde Kluckhohn dog av en hjärtattack i en stuga på den övre Pecos River nära Santa Fe, New Mexico. Han överlevde av sin fru, Dr. Florence Rockwood Kluckhohn, som också undervisade antropologi vid Harvards avdelning för sociala relationer. Clyde Kluckhohn överlevde också av sin son, Richard Kluckhohn. De flesta av hans papper hålls vid Harvard University, men några tidiga manuskript hålls vid University of Iowa.