vid den tiden kämpade två romerska generaler för att vara ledare för den romerska republiken. De var Pompey och Julius Caesar. Julius Caesar besegrade Pompey vid Slaget vid Pharsalus i Grekland, 48 f.Kr. Pompeius flydde till Egypten från Pharsalus och mördades på order av Ptolemaios.
Ptolemaios och hans anhängare trodde Caesar skulle vara nöjd, men det var ett stort misstag. Caesar hade benådat många av de senatorer som kämpade mot honom. Hans anledning var att lägga grunden för fred i Rom. Mordet på Pompey skar rakt över Caesars planer. Värre, Pompey var en romersk konsul, och änkling Caesars enda dotter, Julia. Ännu värre halshöggs Pompey framför sin femte fru och barn, som var på skeppet från vilket han just hade landat. Detta såg till att Pompeys mäktiga familj och anhängare aldrig skulle glömma, och skulle alltid vara fiender till Caesar. Hon slutade gifta sig med båda sina bröder.
sedan kom Caesar till Alexandria, Egyptens huvudstad. Ekonomiskt sett var Egypten en brödkorg som kunde mata folket i Rom. Cleopatra fick Caesar på sitt eget unika sätt. Hon låg på en matta. Sedan rullade hennes tjänare upp mattan med Cleopatra inuti. Sedan togs mattan till palatset där Caesar bodde. Vakterna såg några människor bära en matta och de stoppade dem inte. De bar mattan till Caesar. Sedan kom Cleopatra ut ur mattan. Caesar blev kär i henne och de blev älskare. Vid den tiden var Cleopatra 21 år och Caesar var 52 år gammal.
Caesar bestämde sig för att göra Cleopatra drottning igen. Ptolemaios tyckte inte om det. Det var mycket slagsmål, men Caesar vann. Ptolemaios försökte lämna, men han föll i floden Nilen och drunknade. En annan yngre bror blev kung, men Cleopatra var återigen Egyptens verkliga ledare. Cleopatra gifte sig inte med Julius Caesar, men de hade en son. Han kallades Caesarion.
strax efter att Caesarion föddes mördades Caesar när han gick till Senaten i Rom. Cleopatra och hennes följe var i Rom när Caesar mördades den 15 mars 44 f.Kr. Cleopatra flydde tillbaka till Egypten.