det är oklart hur länge Cleopatra v levde, och med vilka omnämnanden av Cleopatra Tryphaena i den historiska posten hon borde identifieras, eftersom numreringen som används för att skilja Ptolemierna är en modern uppfinning. Cleopatra Tryphaena v försvann runt tiden Cleopatra VII föddes (69 f.Kr.): hennes namn börjar försvinna från Monument och papyri, och det finns en papyrus av Ptolemaios XII från 69 f. Kr. som inte nämner henne men skulle förväntas göra det om hon fortfarande hade levt.
det finns en indikation på att Cleopatra kan ha dött i 69 f.Kr. — hon kan ha dött i förlossning eller möjligen mördades. Skulle hon verkligen ha dött så tidigt, då Cleopatra Tryphaena som nämns — efter utvisningen av Ptolemaios XII — som medhärskare i Egypten (tillsammans med Berenice IV) 58 och 57 f.kr., och dog omkring 57 f. Kr., måste vara hennes dotter, numrerad av vissa historiker som Cleopatra vi Tryphaena. Detta stöds också av porfyr.
å andra sidan finns det en dedikation på Edfu-templet från den 5 December 57 f.Kr. som skriver in Cleopatra Tryphaenas namn tillsammans med Ptolemaios XII (som dock inte var närvarande i Egypten vid den tiden), vilket skulle ha inneburit kungens fru snarare än dotter och skulle vara osannolikt om Ptolemaios XIIs fru verkligen dog redan tolv år tidigare. Således anser vissa, men inte alla, moderna historiker att Cleopatra V är identisk med den påstådda Cleopatra vi Tryphaena och lever till c. 57 f.Kr. Detta skulle comport med konto av Strabo, som rapporterar Ptolemaios XII att ha haft endast tre döttrar, dessa kan på ett tillförlitligt sätt identifieras som Berenice IV, Cleopatra VII, och Arsinoe IV som kungens döttrar, så att det inte skulle lämnas något utrymme för en Cleopatra VI. Werner Huss antar, att gräl utbröt mellan Cleopatra V och Ptolemaios XII i 69 BC och att som ett resultat av dessa tvister Cleopatra V föll i skam och var tvungen att avgå.
Cleopatra V var förmodligen mor till Cleopatra VII. Michael Grant kommer till slutsatsen att” på det hela taget ”det verkar troligen Cleopatra V var mor till Cleopatra VII, notera att hade Cleopatra VII varit illegitim, hennes” många romerska fiender skulle ha avslöjat detta för världen.”Han fortsätter vi bör utesluta hypotesen Cleopatra VII var tänkt av Ptolemaios XII andra hustru-till-vara medan Cleopatra V var på plats, och att om denna okända andra hustru skulle ha varit Cleopatra VII mor och senare gjorde ”drottning legitimerad”, Cleopatra VII skulle fortfarande ha ansetts vara en jävel och ”hennes romerska fiender skulle inte ha missat antydan.”Duane W. Roller spekulerar i att Cleopatra kunde ha varit dotter till en teoretisk halv makedonska-grekiska, halv egyptisk kvinna som tillhör en familj av präster tillägnad Ptah och var ”bara tekniskt illegitima” (dock hävdar han att oavsett Kleopatras anor, hon värderade sin grekiska Ptolemaic arv mest), men konstaterar om denna okända kvinna var inte Kleopatras mor, då Cleopatra V skulle vara hennes mor. En del av hans argument bygger på Strabos omnämnande av att Ptolemaios XII bara har tre döttrar, Berenice är den enda legitima. Men som Grant konstaterar att av alla attacker mot Cleopatra VII är hennes olagliga inte bland dem, och att det bara nämns i ett avslappnat uttalande från Strabo.
de flesta forskare är överens om att Berenice IV var en dotter till Cleopatra V. En annan fru till Ptolemaios XII kan ha varit mor till de yngre syskonen till Cleopatra VII, det vill säga Arsinoe IV, Ptolemaios XIII och Ptolemaios XIV. Christopher Bennett tror dock att Cleopatra V var mor till alla kända barn till Ptolemaios XII.