CIITA-genen ger instruktioner för att göra ett protein som främst hjälper till att kontrollera aktiviteten (transkription) av gener som kallas major histokompatibilitetskomplex (MHC) klass II-gener. Transkription är det första steget i produktionen av proteiner, och CIITA är avgörande för produktion av specialiserade immunproteiner som kallas MHC klass II-proteiner från dessa gener. CIITA-proteinet koordinerar olika proteiner för att aktivera MHC-klass II-gentranskription och tillåta produktion av MHC-klass II-proteiner.
MHC klass II-proteiner finns på ytan av flera typer av immunceller, inklusive vita blodkroppar (lymfocyter) som är involverade i immunreaktioner. Dessa proteiner spelar en viktig roll i kroppens immunsvar mot främmande inkräktare, såsom bakterier, virus och svampar. För att hjälpa kroppen att känna igen och bekämpa infektioner binder MHC klass II-proteiner till fragment av proteiner (peptider) från utländska inkräktare så att andra specialiserade immunsystemceller kan interagera med dem. När dessa immunsystemceller känner igen peptiderna som skadliga, utlöser de lymfocyterna och andra immunceller för att starta immunsvar för att bli av med de utländska invaderarna.
ciita-proteinet verkar också spela en roll för att förbättra transkriptionen av MHC-klass i-gener, som ger instruktioner för att göra immunsystemproteiner som kallas MHC-klass i-proteiner. Liksom MHC-klass II-proteiner fäster MHC-klass i-proteiner till peptider från utländska inkräktare och presenterar dem för specifika immunsystemceller. Dessa celler attackerar sedan de utländska invaderarna för att befria dem från kroppen. Medan CIITA-proteinet kan bidra till att främja MHC-klass i-genaktivitet, är det inte den primära regulatorn för dessa gener. Andra proteiner spelar en mer framträdande roll i deras transkription.