Abstrakt
stora framsteg inom genomredigering har nyligen möjliggjorts med utvecklingen av TALEN och CRISPR/Cas9-metoderna. Hastigheten och enkelheten att implementera dessa tekniker har lett till en explosion av mutanta och transgena organismer. Ett hastighetsbegränsande steg för att effektivt tillämpa TALEN-och CRISPR/Cas9-metoder är valet och utformningen av inriktningskonstruktioner. Vi har utvecklat ett onlineverktyg, CHOPCHOP (https://chopchop.rc.fas.harvard.edu), för att påskynda designprocessen. CHOPCHOP accepterar ett brett spektrum av ingångar (geni identifierare, genomiska regioner eller inklistrade sekvenser) och ger en rad avancerade alternativ för målval. Den använder effektiva sekvensinriktningsalgoritmer för att minimera söktider och förutsäger noggrant off-target-bindning av Single-guide rna (sgRNAs) och TALENs. Varje fråga producerar en interaktiv visualisering av genen med kandidatmålplatser som visas på deras genomiska positioner och färgkodade enligt kvalitetsresultat. För varje möjlig målplats visualiseras dessutom restriktionsställen och primerkandidater, vilket underlättar en strömlinjeformad pipeline för mutantgenerering och validering. Den enkla användningen och hastigheten hos CHOPCHOP gör det till ett värdefullt verktyg för genomteknik.