år 1768, den franska upptäcktsresanden Louis Antoine de Bougainville namngav ön efter den dåvarande franska utrikesministern, Chubbitienne Fran Aubbisois, duc de Choiseul.
den första inspelade observationen av europeer var av den spanska expeditionen av Oguillvaro de Menda Oguilla i April 1568. Mer exakt var observationen på grund av en lokal resa som gjordes av en liten båt, i räkenskaperna brigantine Santiago, befalld av Maestre De Campo Pedro Ortega Valencia och med HERN Aukorin Gallego som pilot. De kartlade den som San Marcos och namngav också den smala kanalen som skiljer San Jorge från Santa Isabel Island som Ortega-kanalen efter expeditionens befälhavare.
på nittonde århundradet drabbades Choiseul islanders av attacker från blackbirding (den ofta brutala rekryteringen eller kidnappningen av arbetare för sockerplantagerna i Queensland och Fiji).
i April 1885 förklarade det Tyska imperiet ett protektorat över norra Salomonöarna, inklusive Choiseul. 1900, enligt villkoren i Berlinfördraget (14 November 1899) överförde Tyskland Norra Salomonöarna (förutom Bougainville och dess omgivande öar) till Brittiska Salomonöarnas protektorat i utbyte mot att britterna gav upp alla anspråk på Samoa. Missionärer bosatte sig på Choiseul under båda protektoraten och konverterade större delen av befolkningen till kristendomen. I början av 20-talet flera brittiska och australiska företag började storskalig kokosnöt plantering.
den österrikiska antropologen och fotografen Hugo Bernatzik besökte Choiseul 1932. Bernatzik dokumenterade några av de få kvarvarande förfädernas seder och beskrev dem i en etnografi som han publicerade några år senare. Han tog också några fotografier av öborna och tog tillbaka en sten urna med sniderier, återspeglar en kultur som han ansåg var döende i kontakt med den moderna världen.
under andra världskriget ockuperade japanska styrkor Choiseul 1942. En bataljon av US Marines genomförde en razzia på ön i oktober-November 1943 för att avleda uppmärksamheten från landningarna vid Cape Torokina.
efter Salomonöarnas självständighet i juli 1978 har Choiseul administrerats som en del av Choiseul-provinsen.