huvudansvaret för miljöfrågor ligger på avdelningen för miljöprogram vid hälsoministeriet och i National Planning Office, samt i det ekologiska rådgivningskontoret vid ministeriet för nationell välfärd och Miljödepartementet vid utrikesministeriet.
Chiles största miljöproblem är avskogning och den resulterande jorderosionen och föroreningen av dess luft, vatten och mark. Luftföroreningar från industri och transport och vattenföroreningar är särskilt akuta i stadscentrum, där befolkningen har fördubblats under de senaste 30 åren. 1996 uppgick Chiles industriella koldioxidutsläpp till 48,7 miljoner ton. Obehandlat avloppsvatten utgör det största hotet mot landets vattenkvalitet. Från och med 2001 hade Chile 928 cu km förnybara vattenresurser. Medan 99% av dess stadsbor har rent dricksvatten, har endast 58% av dess landsbygdsboende samma tillgång.
utrotningshotade arter i Chile inkluderar Södra Andes huemul, tundra pilgrimsfalk, puna rhea, Chilenska woodstar, rödblommig gås och grön havssköldpadda. Från och med 2001 ansågs 16 arter av däggdjur totalt 91 vara hotade. Av 296 häckande fågelarter hotades 18 av utrotning. Också hotade var fyra typer av sötvattensfisk och 268 växtarter.