Charles Chauncy var barnbarn till Charles Chauncy, andra president för Harvard College. Young Charles föddes och utbildades i Boston. Han tog examen från Harvard 1721 och fick sin magisterexamen där 1724. Ordinerad som minister till den första kyrkan i Boston 1727, tjänade han i denna prestigefyllda position i 60 år. År 1727 gifte han sig med den första av tre fruar, Elizabeth First; 1738 gifte han sig med Elizabeth Townsend; och 1760 Mary Stoddard. Han var en seriös, flitig person och en energisk forskare av religion och Bibeln.
Chauncy blev den stora Uppvaknandets mest formidabla kritiker. År 1741 höll han en föreläsning anmärkningsvärt nära i anda till tänkandet av New England präst Jonathan Edwards, men ett år senare predikade Chauncy mot väckelserna. Hans Seasonable Thoughts on the State of Religion (1743) är en noggrant byggd avhandling mot religiös entusiasm. Han hänvisade i stor utsträckning till Bibeln och presenterade det stora uppvaknandet som en tid av skenande emotionalism, andlig stolthet, illusion och oordning. När George Whitefield, den stora engelska evangelisten, återvände till New England 1744, var han välkommen varken vid Harvard eller vid Yale, och Chauncy, en medlem av Harvard Board of Overseers, valde detta ögonblick att predika en excoriation av Whitefield och uppvaknandet.
även om Chauncy ansåg sig vara en kalvinist, tolkade han kalvinismen på flera viktiga punkter och gick bort från åsikter som innehades av hans mer ortodoxa samtida. Han predikade mot en anglikansk etablering i kolonierna. Chauncy såg förnuft som kärnan i” vår karaktär som män ” och trodde att det skulle hjälpa en person till frälsning. Kontrasten mellan tro och verk som motsatser, kände han, hade överskattats.
Chuncys tro på den väsentliga tillförlitligheten av sunt förnuft, även i de oförlösta, härrör från hans förtroende för Gudomens välvilja. Han ansåg att Kristi död var nödvändig för människans frälsning, inte för att blidka en hämndlysten Gud utan för att denna katastrofala händelse väckte syndare till Guds auktoritet. Chauncy kände att Kristus dog inte för att lösa några utvalda utan för att rädda hela mänskligheten, och att arvsynden inte var ett tillräknat tillstånd utan bara en medfödd tendens. Han rörde sig gradvis mot universalism och begreppet Gud som universums enda monark snarare än kalvinismens Trepersonsgud. Dessa teman är grundläggande för hans inflytelserika Compleat View of Episcopacy (1771), liksom två andra verk, Gudomens välvilja (1784) och mysteriet Hid frommåldrar … eller frälsningen av alla män … (1784), båda publicerade anonymt i London men tydligen skrivna före 1768. Chauncy tänkande betydligt förebådade 19th century utvecklingen i New England teologi.