în 1768, exploratorul francez Louis Antoine de Bougainville a numit insula după ministrul francez de externe de atunci, Xvtienne Fran Eccois, duce de Choiseul.
prima observație înregistrată de europeni a fost expediția spaniolă de la Unkticlvaro de Menda, în aprilie 1568. Mai exact, reperarea s-a datorat unei călătorii locale efectuate de o barcă mică, în conturile brigantine Santiago, comandat de Maestre de Campo Pedro Ortega Valencia și având hernia centenar Gallego ca pilot. L-au catalogat ca San Marcos și, de asemenea, au numit canalul îngust care separă San Jorge de insula Santa Isabel drept canalul Ortega după comandantul expediției.
în secolul al XIX-lea, Insulele Choiseul au suferit atacuri de la mierlă (recrutarea sau răpirea adesea brutală a muncitorilor pentru plantațiile de zahăr din Queensland și Fiji).
în aprilie 1885, Imperiul German a declarat un protectorat asupra Insulelor Solomon de Nord, inclusiv Choiseul. În 1900, în conformitate cu Termenii Tratatul de la Berlin (14 noiembrie 1899), Germania a transferat Insulele Solomon de Nord (cu excepția Bougainville și insulele din jur) către protectoratul britanic al Insulelor Solomon în schimbul renunțării britanicilor la toate pretențiile față de Samoa. Misionarii s-au stabilit pe Choiseul sub ambele protectorate, convertind cea mai mare parte a populației la creștinism. La începutul secolului 20, mai multe firme britanice și australiene au început să planteze nucă de cocos pe scară largă.
Antropologul și fotograful austriac Hugo Bernatzik a vizitat Choiseul în 1932. Bernatzik a documentat unele dintre puținele obiceiuri ancestrale rămase ale oamenilor insulei și le-a descris într-o Etnografie pe care a publicat-o câțiva ani mai târziu. De asemenea, a făcut câteva fotografii cu insularii și a adus înapoi o urnă de piatră cu sculpturi, reflectând o cultură pe care a considerat-o că moare în contact cu lumea modernă.
în timpul celui de-al Doilea Război Mondial, Forțele japoneze au ocupat Choiseul în 1942. Un batalion de pușcași marini americani a efectuat un raid pe insulă în octombrie-noiembrie 1943, pentru a distrage atenția de la debarcările de la capul Torokina.
după independența Insulelor Solomon în iulie 1978, Choiseul a fost administrat ca parte a provinciei Choiseul.