gena CIITA oferă instrucțiuni pentru realizarea unei proteine care ajută în primul rând la controlul activității (transcripției) genelor numite gene de clasă ii complexe majore de histocompatibilitate (MHC). Transcrierea este primul pas în producția de proteine, iar CIITA este esențială pentru producerea de proteine imune specializate numite proteine MHC clasa II din aceste gene. Proteina CIITA coordonează diferite proteine pentru a activa transcrierea genei MHC clasa II și pentru a permite producerea de proteine MHC clasa II.
proteinele MHC clasa II se găsesc pe suprafața mai multor tipuri de celule imune, inclusiv celulele albe din sânge (limfocite) care sunt implicate în reacțiile imune. Aceste proteine joacă un rol important în răspunsul imun al organismului la invadatorii străini, cum ar fi bacteriile, virușii și ciupercile. Pentru a ajuta organismul să recunoască și să lupte împotriva infecțiilor, proteinele MHC clasa II se leagă de fragmente de proteine (peptide) de la invadatorii străini, astfel încât alte celule specializate ale sistemului imunitar să poată interacționa cu ele. Când aceste celule ale sistemului imunitar recunosc peptidele ca fiind dăunătoare, ele declanșează limfocitele și alte celule imune pentru a lansa răspunsuri imune pentru a scăpa de invadatorii străini.
proteina CIITA pare, de asemenea, să joace un rol în îmbunătățirea transcrierii genelor MHC clasa I, care oferă instrucțiuni pentru realizarea proteinelor sistemului imunitar numite proteine MHC clasa I. La fel ca proteinele MHC clasa II, proteinele MHC clasa I se atașează de peptidele invadatorilor străini și le prezintă celulelor specifice ale sistemului imunitar. Aceste celule atacă apoi invadatorii străini pentru a-i scăpa de corp. În timp ce proteina CIITA este capabilă să contribuie la promovarea activității genei MHC clasa I, nu este regulatorul principal al acestor gene. Alte proteine joacă un rol mai proeminent în transcrierea lor.