Cn3D este un instrument de vizualizare pentru structuri biomoleculare, secvențe și alinieri de secvențe. Ceea ce diferențiază Cn3D de alte programe software este capacitatea sa de a corela informațiile despre structură și secvență: de exemplu, un om de știință poate găsi rapid reziduurile dintr-o structură cristalină care corespund mutațiilor cunoscute ale bolii sau reziduurilor de sit activ conservate dintr-o familie de omologi de secvență. Cn3D afișează alinierea structură-structură împreună cu alinierea secvenței bazate pe structură, pentru a sublinia ce regiuni ale unui grup de proteine înrudite sunt cele mai conservate în structură și secvență. De asemenea, sunt incluse caracteristici personalizate de etichetare, grafică OpenGL de înaltă calitate și o varietate de exporturi de fișiere care fac împreună Cn3D un instrument puternic pentru adnotarea literaturii. Cn3D este de obicei rulat dintr-un browser WWW ca aplicație de ajutor pentru sistemul entrez al NCBI, dar poate fi folosit și ca aplicație independentă.
cu versiunea 4, Cn3D este acum un editor complet de aliniere multiplă și include algoritmi pentru alinierea secvențelor la alte secvențe și la structuri. Acum Puteți crea și chiar adnota mai multe alinieri. Cn3D este utilizat ca instrument primar de curare a alinierii pentru proiectul CDD.