demonstrația că administrarea pe termen lung a unor doze relativ mici de clonidină a scăzut capacitatea de reacție a vaselor de sânge la medicamente vasodilatatoare și vasoconstrictoare la animale a condus la investigarea sa în prevenirea migrenei la om. Rezultatele studiilor terapeutice controlate cu placebo și deschise au arătat că clonidina în doze mici (75 până la 150 cană zilnic) este utilă în prevenirea durerilor de cap migrene la aproximativ 30% -50% dintre pacienți. O reducere cu 50% sau mai mare a frecvenței cefaleei sau a indicilor cefaleei a fost raportată la 40% dintre pacienți în studii controlate și deschise. Astfel, clonidina, ca și alte medicamente utilizate în terapia intervalului de migrenă, poate fi de așteptat să fie eficientă doar la o proporție de pacienți. Deși clonidina nu a fost comparată direct cu alte medicamente utilizate în tratamentul profilactic al migrenei, impresia clinică generală este că este mai puțin eficientă decât pizotifenul sau metisergida. Deoarece este relativ bine tolerat la doze de 75 până la 150 cană zilnic, este demn de un studiu, în special la pacienții considerați că au nevoie de terapie profilactică pentru migrenă pentru prima dată și când migrena apare în asociere cu hipertensiunea. La dozele utilizate în profilaxia migrenei, care sunt aproape invariabil mai mici decât cele utilizate în hipertensiune arterială, clonidina nu provoacă hipotensiune arterială și poate fi utilizată la pacienții cu boli cardiovasculare. Principalele efecte secundare sunt somnolența și uscăciunea gurii, care tind să se diminueze pe măsură ce tratamentul continuă.