la acea vreme, doi generali romani luptau pentru a fi liderii Republicii Romane. Erau Pompei și Iulius Cezar. Iulius Cezar l-a învins pe Pompei în Bătălia de la Pharsalus în Grecia, 48 î.hr. Pompei a fugit în Egipt din Pharsalus și a fost ucis de ordinele lui Ptolemeu.
Ptolemeu și susținătorii săi au crezut că Cezar va fi mulțumit, dar aceasta a fost o mare greșeală. Cezar i-a iertat pe mulți dintre senatorii care au luptat împotriva lui. Motivul său a fost să pună bazele păcii la Roma. Uciderea lui Pompei a trecut peste planurile lui Cezar. Mai rău, pompei era un consul Roman și văduvul singurei fiice a lui Cezar, Julia. Mai rău, Pompei a fost decapitat în fața celei de-a cincea soții și a copiilor săi, care se aflau pe nava de pe care tocmai debarcase. Acest lucru a asigurat că familia puternică și susținătorii lui Pompei nu vor uita niciodată și vor fi întotdeauna dușmani ai lui Cezar. A ajuns să se căsătorească cu amândoi frații lor.
apoi Cezar a venit la Alexandria, capitala Egiptului. Din punct de vedere economic, Egiptul era un coș de pâine care putea hrăni oamenii din Roma. Cleopatra l-a primit pe Cezar în felul ei unic. S-a întins pe un covor. Apoi servitorii ei au înfășurat covorul cu Cleopatra înăuntru. Apoi covorul a fost dus la palatul unde stătea Cezar. Gardienii au văzut niște oameni care purtau un covor și nu i-au oprit. Au dus covorul la Cezar. Apoi Cleopatra a ieșit din covor. Cezar s-a îndrăgostit de ea și au devenit iubiți. La acea vreme, Cleopatra avea 21 de ani, iar Cezar avea 52 de ani.
Cezar a decis să o facă din nou regină pe Cleopatra. Ptolemeu nu-i plăcea asta. Au fost multe lupte, dar Cezar a câștigat. Ptolemeu a încercat să plece, dar a căzut în râul Nil și s-a înecat. Un alt frate mai mic a devenit rege, dar Cleopatra a fost din nou adevăratul lider al Egiptului. Cleopatra nu s-a căsătorit cu Iulius Cezar, dar au avut un fiu. El a fost numit Caesarion.
la scurt timp după nașterea lui Caesarion, Cezar a fost ucis în timp ce mergea la Senat la Roma. Cleopatra și anturajul ei se aflau la Roma când Cezar a fost asasinat la 15 martie 44 î.hr. Cleopatra a fugit înapoi în Egipt.