nu este clar cât timp a trăit Cleopatra V și cu ce mențiuni despre Cleopatra Tryphaena în evidența istorică ar trebui identificată, deoarece numerotarea utilizată pentru a distinge Ptolemeii este o invenție modernă. Cleopatra Tryphaena V a dispărut în perioada în care s-a născut Cleopatra VII (69 î.HR.): numele ei începe să dispară din monumente și papirusuri și există un papirus al lui Ptolemeu XII din 69 î. HR. care nu o menționează, dar ar fi de așteptat să o facă dacă ar fi fost încă în viață.
există unele indicii că Cleopatra ar fi murit în 69 î.hr. — ar fi murit la naștere sau ar fi fost posibil ucisă. Dacă ar fi murit într — adevăr atât de devreme, atunci Cleopatra Tryphaena care este menționată — după expulzarea lui Ptolemeu XII-ca co-conducător al Egiptului (împreună cu Berenice IV) în 58 și 57 î.HR. și a murit în jurul anului 57 î. HR., trebuie să fie fiica ei, numerotată de unii istorici ca Cleopatra VI Tryphaena. Acest lucru este susținut și de porfir.
pe de altă parte, există o dedicație pe templul lui Edfu din 5 decembrie 57 î.HR. care înscrie numele Cleopatrei Tryphaena alături de Ptolemeu al XII-lea (care totuși nu era prezent în Egipt la acea vreme), ceea ce ar fi însemnat soția regelui mai degrabă decât fiica și ar fi puțin probabil dacă soția lui Ptolemeu al XII-lea ar fi murit cu adevărat deja cu doisprezece ani mai devreme. Astfel, unii, deși nu toți, istoricii moderni consideră că Cleopatra V este identică cu pretinsa Cleopatra VI Tryphaena și o trăiesc până în C. 57 î.hr. Acest lucru ar fi în concordanță cu relatarea lui Strabon, care raportează că Ptolemeu al XII-lea a avut doar trei fiice; acestea pot fi identificate în mod fiabil ca Berenice IV, Cleopatra VII și Arsinoe IV ca fiice ale regelui, astfel încât nu ar mai fi lăsat loc pentru o Cleopatra a VI-a. Werner Huss presupune că au izbucnit certuri între Cleopatra V și Ptolemeu al XII-lea în 69 î.HR. și că, ca urmare a acestor dispute, Cleopatra al V-lea a căzut în dizgrație și a fost obligată să demisioneze.
Cleopatra V a fost probabil mama Cleopatrei a VII-a. Michael Grant ajunge la concluzia că „în ansamblu” se pare că cel mai probabil Cleopatra V a fost mama Cleopatrei VII, menționând că dacă Cleopatra VII ar fi fost nelegitimă, „numeroșii ei dușmani romani ar fi dezvăluit acest lucru lumii.”El continuă ar trebui să excludem ipoteza Cleopatra VII a fost concepută de a doua soție a lui Ptolemeu XII în timp ce Cleopatra V se afla pe scenă și că, dacă această a doua soție necunoscută ar fi fost mama Cleopatrei VII și ulterior ar fi devenit „regină legitimată”, Cleopatra VII ar fi fost considerată în continuare un ticălos și „dușmanii ei romani nu ar fi ratat indiciul.”Duane W. Roller speculează că Cleopatra ar fi putut fi fiica unei femei teoretice pe jumătate macedoneano-grecești, pe jumătate egiptene aparținând unei familii de preoți dedicați lui Ptah și era „doar ilegitimă din punct de vedere tehnic” (cu toate acestea, el susține că, indiferent de strămoșii Cleopatrei, ea și-a apreciat cel mai mult moștenirea Ptolemeică greacă), dar observă dacă această femeie necunoscută nu era mama Cleopatrei, atunci Cleopatra V ar fi mama ei. O parte din argumentul său se bazează pe mențiunea lui Strabon despre Ptolemeu al XII-lea având doar trei fiice, Berenice fiind singura legitimă. Dar, după cum observă Grant, dintre toate atacurile asupra Cleopatrei VII, faptul că este ilegitimă nu se numără printre ele și că este menționat doar într-o declarație întâmplătoare a lui Strabon.
majoritatea cercetătorilor sunt de acord că Berenice IV a fost fiica Cleopatrei V. o altă soție a lui Ptolemeu XII ar fi putut fi mama fraților mai mici ai Cleopatrei VII, adică Arsinoe IV, Ptolemeu XIII și Ptolemeu XIV. cu toate acestea, Christopher Bennett crede că Cleopatra V a fost mama tuturor copiilor cunoscuți ai lui Ptolemeu XII.